Воспитанник клуба «Ривер Плейт». Дебютировал за основу в сезоне 1992/1993. За свой первый период пребывания в составе Ривера Гальярдо вошёл в число легенд клуба, бок о бок выиграв с такими мастерами, как Энцо Франческоли, Эрнан Креспо, Матиас Альмейда, Херман Бургос, Марсело Салас, Ариэль Ортега ряд внутренних и международных трофеев, а именно 5 чемпионатов Аргентины, Кубок Либертадорес 1996, Суперкубок Либертадорес 1997. Болельщики прозвали Гальярдо El Mu?eco, что в переводе означает куколка — несмотря на довольно скромный рост (169 см) Марсело великолепно вёл игру, раздавая филигранные передачи и зачастую сам отмечаясь забитыми голами в ворота соперников. К числу сильных сторон в игре Марсело также относится отменное выполнение стандартных положений — штрафных ударов и угловых.
В 1998 году Гальярдо перешёл в «Монако» и сразу стал одним из лидеров команды, составив «убойную» связку в центре поля с Людовиком Жюли. В сезоне 1998/1999 Гальярдо провёл 28 матчей за монегасков и ометился 8 голами. Во второй сезон Гальярдо помог своей команде выиграть чемпионат Франции. Несмотря на звёздное окружение (Жюли, Кристиан Пануччи, Рафаэль Маркес, Сабри Лямуши, Давид Трезеге, Йон-Арне Риисе), именно Гальярдо был признан лучшим футболистом Франции 1999/2000. Однако в дальнейшем Гальярдо не смог найти общего языка с Дидье Дешамом и в 2003 году, следуя примерам Пануччи и Марко Симоне, решил покинуть Монако и вернуться в родной «Ривер».
Уже избранный капитаном «Ривера», Гальярдо помог миллионерам выиграть Клаусуру 2004. В январе 2007 года Марсело неожиданно заключил контракт с французским ПСЖ. Проведя там один год, он разорвал отношения с парижанами чтобы перебраться в клуб MLS Вашингтон «Ди Си Юнайтед». Он стал третьим самым высокооплачиваемым игроком лиги MLS в истории после Дэвида Бекхэма и Куаутемока Бланко.
В феврале 2009 года Гальярдо вновь вернулся в «Ривер».
12 июня 2011 г. завершил карьеру игрока.
В составе сборной Аргентины Гальярдо в 1994—2003 гг. провёл 44 матча и забил 13 голов. Принял участие в финальных стадиях двух чемпионатов мира (1998, 2002), двух Кубков Америки (1995, 1997), Олимпийских игр 1996 года, в Кубке Короля Фахда 1995 (прототип Кубка конфедераций).
29 июня 2011 года состоялся тренерский дебют Гальярдо — он возглавил «Насьональ», где недавно завершил карьеру футболиста.