Начал судейскую карьеру в раннем возрасте, с 16 лет. К 1998 году был включён в список ассистентов судей в Футбольной лиге.
К декабрю 2002 года Аткинсон работал главным арбитром на матчах Футбольной конференции, а также был главным арбитром финала Молодёжного кубка Англии 2003 года.
К началу сезона 2003/04 Аткинсон вошёл в национальный список арбитров Англии. С августа 2004 по октябрь 2005 года он не удалил с поля ни одного футболиста.
Спустя всего лишь два года после своего дебюта в Конференции, Аткинсон был назначен на матч Премьер-лиги между «Манчестер Сити» и «Бирмингем Сити». В этом матче, который прошёл 20 апреля 2005 года, он показал лишь одну жёлтую карточку и назначил один пенальти в ворота гостей.
13 августа 2006 года Аткинсон был главным арбитром матча на Суперкубок Англии, в котором встретились «Ливерпуль» и «Челси». В том же 2006 году он был включён в список арбитров ФИФА.
Аткинсон отсудил отборочный матч чемпионата мира между сборными Германии и Финляндии в октябре 2009 года, который завершился со счётом 1:1.
В апреле 2010 года в бирмингемском дерби между «Астон Виллой» и «Бирмингем Сити» Аткинсон назначил пенальти в концовке встречи за фол Роджера Джонсона на Габриэле Агбонлахоре. Телевизионные повторы свидетельствуют, что Джонсон играл в мяч и фола не было. Главный тренер «Бирмингема» раскритиковал Аткинсона за это решение, которое гарантировало «Астон Вилле» победу со счётом 1:0.
Аткинсон подвергся критике за судейство в матче между «Челси» и «Манчестер Юнайтед», который прошёл 1 марта 2011 года на «Стэмфорд Бридж». Главный тренер «Юнайтед» Алекс Фергюсон, а также бывший арбитр Грэм Полл, который считается одним из лучших английских судей в истории, отметили многочисленные судейские ошибки Аткинсона в матче. Так, Аткинсон не назначил пенальти за игру рукой Джона Терри в первом тайме, не показал Давиду Луису вторую жёлтую карточку за явный фол против Уэйна Руни, но назначил спорный пенальти в ворота «Манчестер «Юнайтед» в концовке встречи и удалил капитана «Юнайтед» Неманью Видича. Эти решения, по мнению Фергюсона и Грэма Полла, повлияли на результат игры, в которой «Челси» одержал победу над «Манчестер Юнайтед» со счётом 2:1. Примечательно, что в предыдущей встрече двух команд на «Стэмфорд Бридж», которую также судил Аткинсон, «Челси» также одержал победу благодаря голу на последних минутах, забитому после назначения спорного штрафного удара у ворот «Юнайтед». После того матча Фергюсон также подверг критике судейство Актинсона.