Ратке родился в городе Данциге. В 1814 году для изучения медицины переехал сначала в Геттинген, а в 1817 году в столицу Германии город Берлин, где и получил степень доктора медицины за диссертацию «De salamandiarum corporibus adiposis ovariis et oviductibus eorumque evolutione» (Берлин, 1818).
Затем Ратке вернулся в Данциг, где занимался врачебной практикой. В 1825 году был назначен старшим врачом местного госпиталя, в 1826 году окружным физиком. Четыре года состоял преподавателем физики и физической географии при гимназии. С этого времени посвятил себя изучению анатомии и эмбриологии животных и обнародовал ряд работ по этим предметам, за что и был в 1829 году приглашен на должность профессора физиологии и общей патологии в Дерптский университет.
Попутно он читал там также зоологию и сравнительную анатомию. Вместе с Куторгой и Каппгерром в 1832 и 1835 гг. он совершил путешествия в Крым и на Чёрное море для изучения фауны последнего. В 1835 году перешел в Кёнигсберг на место К. Бэра, назначенного тогда академиком в Санкт-Петербург; там он занимал две кафедры: зоологии и анатомии. В 1839 году совершил путешествие по Норвегии и Швеции. В 1859 году перевел зоологические коллекции в особое новое здание (К. anatomische Austalt); многие из них собраны самим Ратке.
Умер в 1860 году в Кёнигсберге.
Многочисленные (более 125) работы Ратке посвящены почти исключительно эмбриологии и сравнительной анатомии; наиболее важны: