Мартин Сан-Луи родился 18 июня 1975 года в городе Лаваль во франкоязычной провинции Квебек. С детства он увлекался различными видами спорта: футболом, гимнастикой и хоккеем, но главным был именно хоккей, которым Сан-Луи начал заниматься профессионально. Мартин провёл один год за юниорскую команду «Хоксбери Хоукс» (1992/93), после чего был принят в университет Вермонта на спортивную стипендию.
Сан-Луи выступал за хоккейную команду университета «Вермонт Катамаунтс» в течение четырёх лет. За это время Мартин поставил несколько клубных рекордов: он стал лучшим бомбардиром (267 очков) и лучшим ассистентом (176 результативных передач) «Вермонта» за всю историю. Кроме того, Сан-Луи принадлежит лучший показатель результативности за один сезон — 85 очков (1995/96). В 1995, 1996 и 1997 годах Сан-Луи номинировался на Хоби Бэйкер Авард — приз лучшему игроку университетского хоккея.
Вместе с Мартеном Сан-Луи за «Катамаунтс» играли Эрик Перрен, с которым они впоследствии проведут несколько сезонов в «Тампе», и вратарь Тим Томас.
Несмотря на впечатляющие успехи в студенческой лиге, Сан-Луи не попал на драфт НХЛ и осенью 1997 года оказался в «Кливленд Ламберджекс» — клубе, представляющем Международную хоккейную лигу. В 56 играх за «дровосеков» Мартен набрал 50 очков, наконец обратив на себя внимание скаутов НХЛ: 18 февраля 1998 года Сан-Луи подписал контракт с «Калгари Флэймз» как свободный агент и был отправлен в фарм-клуб «огоньков» — «Сент-Джон» (с которым он весной вышел в финал Кубка Колдера).
Сезон 1998/99 Сан-Луи также провёл почти полностью в «Сент-Джон Флэймз», а следующий — уже в «Калгари» (с ноября 1999). За 56 игр регулярного чемпионата НХЛ Сан-Луи занёс себе в актив лишь 18 очков (3 гола и 15 передач). В межсезонье менеджмент «Калгари» принял решение отказаться от услуг Сан-Луи, и Мартен перешёл в «Тампа Бэй Лайтнинг» вновь в качестве свободного агента.
Сан-Луи дебютировал за новый клуб 6 октября 2000 года в матче против «Нью-Йорк Айлендерс». Первый гол в составе «молний» он забил полтора месяца спустя в ворота «Атланты» (шайба была заброшена в меньшинстве). Всего за первый полноценный сезон в НХЛ (без «ссылок» в низшие лиги) Сан-Луи записал на свой счёт 40 очков (18 шайб и 22 передачи).
Эти цифры Мартен мог превзойти уже в следующем году, однако ему помешала тяжёлая травма — перелом ноги, полученный в столкновении с защитником «Питтсбург Пингвинз» Йозефом Мелихаром 23 января 2002 года. Перелом отправил Сан-Луи на больничную койку до апреля. В итоге канадский форвард набрал лишь 35 очков в 53 играх регулярного чемпионата, хотя до травмы он был лидером «Тампы» по результативности.
Прорывным для Сан-Луи и для «Тампа Бэй» в целом стал сезон 2002/03, который Сан-Луи начал в первом звене Тампы с Брэдом Ричардсом (центрфорвард) и Фредериком Модином (левый край). Мартен провёл все 82 матча розыгрыша регулярного чемпионата, а «молнии» впервые с 1996 года вышли в плэй-офф. Сан-Луи отметился 70-ю очками в «регулярке» и был вызван в сборную Востока на матч всех звёзд, который прошёл неподалёку от Тампы в Санрайз на арене «Флориды Пантерз». В играх на вылет Сан-Луи набрал 12 очков в 11 матчах («Тампа» дошла до полуфинала конференции), что стало лучшим показателем среди хоккеистов «молний».
Однако настоящий успех пришёл к Сан-Луи и его клубу в 2004 году. «Молнии» заняли второе место по итогам регулярного чемпионата, уступив лишь «Детройт Ред Уингз». Сан-Луи выиграл гонку бомбардиров, с 94 очками опередив всех преследователей. Плэй-офф вышел триумфальным для «Тампы»: обыграв последовательно «Нью-Йорк Айлендерс» (4:1), «Монреаль Канадиенс» (4:0) и «Филадельфию Флайерс» (4:3), команда из Флориды вышла в финал Кубка Стэнли. В семиматчевой серии (причём в седьмой матч её перевёл именно Сан-Луи, забросив победную для «Тампы» шайбу во втором овертайме шестого поединка) «молнии» победили «Калгари» и впервые в истории завоевали главный трофей НХЛ.
По итогам сезона Сан-Луи получил Арт Росс Трофи (приз лучшему бомбардиру регулярного чемпионата), Плюс/минус Авард, Лестер Пирсон Авард (приз лучшему игрока всего сезона по мнению профсоюза хоккеистов) и Харт Трофи (приз лучшему хоккеисту сезона). В плэй-офф Сан-Луи стал вторым бомбардиром (24 очка), уступив лишь партнёру по звену Ричардсу (26), которому достался Конн Смайт Трофи.
В сентябре 2004 года стало известно о локауте в Национальной хоккейной лиге, и Сан-Луи, как и многие североамериканские игроки, уехал в Европу, заключив соглашение с «Лозанной». По возвращении в США Сан-Луи подписал новый контракт с «Тампа Бэй», рассчитанный на шесть лет, в течение которых Мартен должен был получить 31 миллион долларов. Но обновление контракта не пошло на пользу Мартину — в сезоне 2005/2006 годов он набрал лишь 60 очков в регулярном чемпионате. «Тампа», в последний момент попавшая в плэй-офф с восьмого места Восточной конференции, в первом же раунде проиграла «сенаторам» из Оттавы (4:1).
По ходу сезона 2006/2007 тренер «Лайтнинг» Джон Торторелла поставил Сан-Луи в одну тройку нападения с другим лидером команды — Венсаном Лекавалье, что он уже практиковал весной 2003 года. Результат оказался впечатляющим — пара форвардов из Квебека набрала 210 очков в розыгрыше регулярного чемпионата. В активе Мартина было 102 балла (новый личный рекорд). В плэй-офф «молнии» вышли, заняв седьмое место на Востоке, и снова уступили в 1/8 финала, на этот раз — «Нью Джерси Девилз» (4:2).
Дебют Сан-Луи в сборной Канады состоялся летом 2004 года на Кубке мира по хоккею, куда Мартин приехал в ранге действующего обладателя Кубка Стэнли. В первой же игре против команды США Сан-Луи забил гол и отдал результативную передачу на Джо Сакика, принеся «кленовым листьям» победу со счётом 2:1. Всего на турнире Сан-Луи провёл 6 матчей и набрал 4 очка. Канадцы стали победителями Кубка, обыграв в финале финнов, а в полуфинале — чехов.
Следующим крупным турниром для Сан-Луи стали Олимпийские игры 2006 года в Турине. Форвард «Тампы» сыграл те же 6 матчей, но сборная повторить успех не смогла, потерпев поражение в четвертьфинале.
В 2008 и 2009 годах Сан-Луи принял участие в чемпионатах мира, и оба раза сборная Канады становилась серебряным призёром (первое место занимали россияне). В 2009 году, набрав 15 очков (4+11), Мартин стал лучшим бомбардиром чемпионата.
Летом 2009 г. Сан-Луи был включён в расширенный состав сборной Канады для участия в Олимпийских играх в Ванкувере. Сан-Луи присутствовал на предолимпийском сборе в Калгари (24-27 августа), однако в итоговом варианте состава, который объявил Стив Айзерман 30 декабря, Мартина не оказалось.
Сан-Луи познакомился со своей будущей женой, Хизер, в 1996 году. В июле 2000 года они поженились. Пара воспитывает троих сыновей: Райана, Лукаса и Мэйсона.