Начал выступать за «Киликию» с 20-ти лет. В чемпионатах 2007 и 2008 Мкртумян провёл по 16 матчей. В этом же году главными тренерами привлекался в ряды молодёжной сборной Армении, за которую так пока и не удалось сыграть из-за высокой конкуренции (Мкртумян лишь третий в списке вратарей). В сезоне 2009 в чемпионате Армении сыграл всего в 6 матчах. Прямым конкурентом за место в основе является Артур Д. Хачатрян. Ввиду слабости командного состава пропускаемость клуба очень высокая в чемпионате, а этот фактор сильно отражается и на статистике пропускаемости вратаря.
Имеет на счету один забитый мяч в розыгрыше Кубка Армении 2007. 10 апреля в ответном домашнем матче против «Бананца» Мкртумян реализовал пенальти на 87 минуте матча при счёте 0:5 в пользу «Бананца».