Масахару Хомма родился в японском городе Садо в 1887 году.
Закончил Военную академию и Высшую военную академию Императорской армии в 1907 году и 1914 соответственно.
Масахару Хомма являлся участником 1-ой мировой войны. Начал карьеру в качестве командира батальона.
В 1930-32 военный атташе в Лондоне. В 1932-33 пресс-атташе Военного министерства.
С 1933 командир 1-го пехотного полка, в 1935-36 — 32-й бригады, в 1938 — 27-й пехотной дивизии в Китае. В 1936 переведен в Генштаб, в 1937-38 начальник 2-го управления. Неоднократно консультировал специалистов Генштаба, участвовал в планировании военных операций.
В декабре 1940 г. назначен командующим Тайваньской армией.
06.11.1941 назначен командующим 14-й армией (16-я, 48-я пехотные дивизии, 65-я пехотная бригада; около 43 тыс. чел.; начальник штаба генерал-лейтенант Маэда Масами) в составе Южной группы армий генерала Тэраути, которой была поручена операция по оккупации Филиппин.
Через несколько дней после нападения на Пёрл-Харбор высадился на острове Лусон. Приняв решение взять Манилу, Хомма, не имевший опыта руководства подобными операциями, действовал нерешительно и потерял время, дав возможность американцам укрепиться. 02.01.1942 его войска вступили в Манилу, а 9 января он начал наступление на полуострове Батаан, но лишь втянулся в длительные тяжелые бои, неся большие потери. В феврале 1942 г. обвинен в некомпетентности и фактически отстранен от должности, а руководство операцией поручено генералу Ямасите.
В апреле 1942 американские войска (около 70 тыс. чел.) капитулировали. Пленные были отправлены в «марш смерти», 5-7 дней не получая пищи и воды, кроме того, японцы убивали отставших и упавших пленных. В ходе «марша» погибло около 16 тыс. американских и филиппинских военнослужащих.
29.06.1942 официально заменен генералом Курода. В сентябре 1942 г. занял пост личного советника принца Ф. Коноэ.
В сентябре 1945 года арестован в Токио. После окончания войны обвинен в расстрелах американских военнопленных на Филиппинах и приговорен судом в Маниле к смертной казни. Расстрелян.