Окончил Полтавскую семинарию и,в 1878 году Киевскую Духовную Академию по отделу исторических наук, в том же году сдал в Киевском университете им. Св. Владимира на звание учителя гимназии, был определён на звание штатного учителя истории и географии в Глуховский учительский институт. Через два года был переведён в Полтаву, где преподавал в Александровском реальном училище. В 1886 году возвращается в Киев, где продолжает преподавательскую работу в Киевском реальном училище. Одной из главных заслуг в деятельности Ивана Павловича Матченко была работа по организации женского образования. Эту работу он начинает ещё в Полтаве, где преподаёт в Полтавской Мариинской женской гимназии. По приезде в Киев он знакомится с Петром Яковлевичем Армашевским, профессором Киевского университета и горячим сторонником высшего женского образования. После этого Матченко много лет работает в Киеве на ниве женского образования - преподаёт в Министерской женской гимназии, возглавляет Педагогический совет частной женской гимназии. В 1902 году он входит в состав Комиссии по преобразованию средней школы. В целом педагогической работе Иван Павлович Матченко посвятил 35 лет жизни.
Придерживаясь монархических взглядов, Иван Павлович Матченко в 1908 году вступил в крупнейшую организацию Киева консервативного направления – Киевский клуб русских националистов. Помимо этого он многократно выступает с лекциями в Киевском просветительском религиозно-православном обществе. Как литератор, Иван Павлович Матченко написал ряд работ религиозного и краеведческого характера, а также касающихся преподавания географии в школе.
Во время второго занятия Киева большевиками в руки ЧК попал список активистов Киевского клуба русских националистов. По этому списку было арестовано и расстреляно 68 человек, включая Ивана Павловича Матченко, несмотря на попытки его жены доказать, что он не относится к «нетрудовым элементам» (в своём письме она в частности указывала, что «муж уже 10 лет в отставке после 35-летней учительской деятельности. Занимался учёными трудами и домашним хозяйством»).