Бодмер начал карьеру футболиста в клубе ФК «Эврё» в возрасте 14 лет (сезон 1997/98). Вскоре он перешёл в ФК «Кан», клуб второго французского дивизиона, за который дебютировал в 2000 году. За «Кан» Матье провёл в общей сложности 105 матчей и забил 4 гола. В 2003 он был продан в Лилль за ?1 мил. В дебютном сезоне (2003/04) за Лилль, Бодмер выходил на поле 33 раза, забив 2 гола. В следующем сезоне футболист вместе со своим клубом занял второе место в чемпионате Франции. 16 июня 2007 года Бодмер перешёл в лионский «Олимпик», сумма сделки составила 6.5 миллионов евро.