Маттео Серени начал свою карьеру в клубе «Сампдория», в 1993 году, так и не выйдя в составе «Сампы» Серени был отдан в аренду в клуб «Кревалкоре», где, правда, так же не вышел на поле. В 1995 году Серени, вернувшийся в «Сампдорию», наконец дебютировал в основе команды, затем футболист играл в аренде в клубах «Пьяченца», которой помог не вылететь в серию B, и «Эмполи», а затем два сезона в «Сампдории», где Серини уже был «первым» голкипером команды и одним из лучших голкиперов Италии. Затем Серени уехал в Англию в «Ипсвич Таун», который купил перспективного игрока за рекордные для клуба 7,5 млн евро, но там, хоть играл и регулярно, высокого класса игры не показывал.
После Англии, Серени вернулся на правах аренды в Италию, чтобы играть за «Брешию», где Серени вновь вернул себе уважение итальянской футбольной общественности и заинтересовал клуб «Лацио», но после первого удачного сезона в клубе Серени потерял место в основном составе команды, уступая в классе Анжело Перуцци, и даже был отдан в аренду в «Тревизо», где тоже почти не играл. В 2007 году Серени переходит в клуб «Торино», где вновь находит свою игру и становится кумиром тиффози команды из Турина, что те настояли, чтобы президент «Торино» Урбано Кайро переподписал контракт с футболистом, что и было сделано, контракт рассчитан до 30 июня 2011 года.