Родился в зажиточной купеческой семье. Брат Ильи Исидоровича Фондаминского. В середине 1880-х гг. — активный участник народовольческого движения. В 1886 году арестован в Москве и сослан в Якутскую губернию. Участник вооруженного выступления политзаключенных в 1889 году, известного как Якутская трагедия. Заключен в Вилюйскую и Акатуйскую каторжные тюрьмы. Освобожден в 1895 году.Был женат на Гавронской Амалии Осиповне.