Изучал право в Львовском и Венском университетах.
Во время Первой мировой войны был старшим офицером полевой жандармерии австрийской армии. В 1918 г. вместе с оккупационной армией прибыл в Киев, где был политическим референтом-переводчиком при генерале Линзингене. В 1919 г. служил сотником в полевой жандармерии Украинской галицкой армии.
В 1919 году остался в Киеве, впоследствии переехал в Харьков, где в 1920 году вступил в КП(б)У и стал официальным историографом марксистской исторической школы.
В 1920-х годах некоторое время заведовал управлением Укрнауки в Харькове, впоследствии возглавлял исторический отдел Всеукраинского института марксизма-ленинизма (ВИМЛ), а некоторое время — весь институт. Сотрудничал с Николаем Скрипником. Одновременно преподавал историю Украины в вузах Харькова.
В 1929 году избран действительным членом Всеукраинская академия наук (ВУАН). С этого времени работал в Киеве, будучи членом президиума I Отдела (Историко-филологического) ВУАН, его секретарём и фактическим руководителем, потому что глава этого отдела Дмитрий Багалей находился в Харькове.
В 1929 году был обвинён в «националистическом уклоне» и отстранён от руководства историческим отдела Института марксизма, в феврале 1930 года исключён из партии, лишён звания академика ВУАН и академика АН Белорусской ССР. В 1932 г. арестован в Киеве; решением КОГПУ был приговорён к 6 годам исправительно-трудовых лагерей и сослан на Соловецкие острова. В лагере был одним из лидеров украинской «внутренней эмиграции». 3 ноября 1937 г. расстрелян в урочище Сандармох в Медвежьегорском районе Карелии.
В 1989 году реабилитирован; в 1991 году восстановлен в звании академика АН Украины, в 1994 г. — в звании академика АН Беларуси.
Яворский — первый украинский историк, который пытался составить историю Украины в рамках «марксистско-материалистического закона». Без соответствующей профессиональной практики и достаточной документации его произведения отмечены идеологическими манипуляциями исторических фактов.
Среди произведений Яворского известны прежде популярные учебники:
В соответствии с идеологическим направлением работал над трудами о революционном движении на Украине:
Кроме того, опубликовал ряд статей в специализированных сборниках и журналах:
В Австралии переиздан «Очерк истории Украины», т. I—II (Аделаида, 1986).
Труды М. И. Яворского были остро раскритикованы в украинской национальной историографии за тенденциозность и непрофессионализм (Дмитрий Багалей, Дмитрий Дорошенко, Иван Крипякевич, Александр Оглоблин), а с 1929 также в советской историографии, которая «яворщиной» прозвала «националистический уклон» в истории. Обвинён в идеологических ошибках: «преувеличении места национального вопроса в революционной борьбе, идеализации мелкобуржуазных националистических партий» и трактовке украинской революции не как части русского, а отдельного произведения украинского исторического процесса.