Учился в Ягеллонском университете (также известном как Краковский университет), и в 1479 году получил степень магистра. Между 1480—1485 учился за границей. После своего возвращения становится профессором Ягеллонского университета, где он 8 раз, с перерывами, избирался ректором (1501—1519) и в течение двух лет был вице-канцлером.
Его Tractatus de duabus Sarmatiis («Трактат о двух Сарматиях») считался на Западе первым подробным географическим и этнографическим описанием Восточной Европы между Вислой и Доном с одной стороны и между Доном и меридианом Каспийского моря с другой и был написан на основе рассказов поляков и вообще иностранцев побывавших там, а также русских людей, приезжавших в Польшу. Вполне понимая это значение своей работы, в предисловии автор написал :
Трактат вслед за Яном Длугошем популяризировал за границей миф о сарматизме, согласно которому польская шляхта — это потомки древних сарматов. Среди прочего Матвей Меховский в своём труде называет жителей Московии «москами» и, хотя и признавая что «речь там повсюду русская или славянская», тем не менее обособляет их от «рутен» (русских) — такая схема впоследствии была принята и укоренилась в польско-литовской публицистике. Также считается, что термин «татарское иго» принадлежит его перу. «Трактат о двух Сарматиях» многократно переиздавался в XVI веке и был одним из главных источников изучения России в Западной Европе, тогда же он был переведён с латинского на многие европейские языки, включая немецкий, итальянский, польский.