Почеттино начал свою профессиональную карьеру с «Ньюэллс Олд Бойз». Затем переехал в «Эспаньол» в Испанию в 1994—1995. Он постоянно был в стартовом составе в шести сезонах, играл за клуб в Кубке Испании 2000.
В январе 2001 Почеттино переехал в «Пари Сен-Жермен»: он также регулярным бал в стартовом составе во время своего пребывания, и в 2003-04 подписал контракт с «Бордо». Однако, позже он возвратился в «Эспаньол». В общем, он появился почти в 300 официальных матчах клуба.
В конце января 2009, Почеттино стал третьим тренером «Эспаньола» в 2008—2009. Он тренировал девять игроков клуба, которые были его товарищами по команде в прошлом сезона и, в начале июня, возобновил контракт на следующие три года.
Почеттино сыграл за Аргентину 20 раз в течение четырёх лет, был участником чемпионата мира 2002, сыграв три полных матча.