Майкл Ричард Эмерсон родился 7 сентября 1954 года в Сидар-Рапидс, Айова, США. Образование получил в университете Дрейк (англ. Iowa's Drake University), после чего отправился в Нью-Йорк, испытать судьбу на актёрском поприще. Однако, как и многих других молодых актёров его постигла неудача, и он не смог найти работу. Некоторое время подрабатывал то здесь, то там и, в конечном счете, стал внештатным иллюстратором в одном из журналов. Тогда же его первая жена предложила перебраться во Флориду, куда переезжала её семья, а в период, когда их брак уже распался, Эмерсон развился в опытного исполнителя, принимая участие в Шекспировском «Othello» и других постановках театра Джексонвилла (англ. Theatre Jacksonville). За семь лет (1986—1993), Майкл пережил огромное количество перевоплощений в местных спектаклях, но, не смотря на эту увлеченность, он пока не мог зарабатывать своим талантом на жизнь.
Хотя Эмерсон и отказался от актёрского ремесла, в пользу преподавания, он по-прежнему прислушивался к советам знакомых драматических актёров, а затем получил степень Магистра Изящных Искусств по программе Фестиваля Шекспира в Алабаме (англ. Alabama Shakespeare Festival). На этом Фестивале он провел три года жизни, оттачивая свое искусство в таких постановках как «The Tempest», «Much Ado About Nothing» и «Henry V». Вооруженный степенью, он вновь надеялся покорить Нью-Йорк, но предложения, которые ему поступали, были по-прежнему лишь из местных театров. Наконец, в 1997 Эмерсон был приглашен на второстепенную роль в спектакле Мойзеса Кауфмана «Gross Indecency: The Trials of Oscar Wilde». Однако через некоторое время исполнителя главной роли уволили, а Майкл занял его место. После, театральные обзоры просто сверкали его именем и все как один твердили, что он великолепен. Эмерсон отклонил предложение принять участие в нашумевшем фильме Майкла Бея «Armageddon» ради «Gross Indecency», а позже согласился на роль второго плана в «The Journey». Именно эта роль свела его с будущей женой, актрисой Керри Престон, известной благодаря «The Impostors» и «Playing by Heart».
Прошли годы после его первой известности в Нью-Йорке, Майкл продолжал играть на сцене вместе такими актёрами как Ума Турман в Бродвейской постановке «The Misanthrope» или с Кевином Спейси в «The Iceman Cometh», где Эмерсон сыграл Вилли Обана и получил хорошие отзывы. Затем он работал вместе с Кейт Бартон над «Give Me Your Answer Do» в 1999, исполнил роль Джорджа Тесмана «Hedda Gabler» в Уильямстоуне, играл в Бостоне и Вашингтоне, в конце концов, он остановился на Бродвее в 2001 году. Между спектаклями Эмерсон попробовал себя в роли серийного убийцы в нескольких частях сериала «Практика». Как оказалось впоследствии, именно психически не уравновешенный Уильям Хинкс, то ли убийца, то нет, подарил Майклу его первую Эмми, как Лучшему Приглашенному Драматическому Актёру.
Эмерсон продолжал играть огромное количество персонажей на телевидении, однако так и не мог найти свое амплуа. После нескольких эпизодов в «The Education of Max Bickford» и «Law & Order: Special Victims Unit», Майкл снялся в небольшой сцене с Ричардом Гиром и Даян Лэйн в триллере «Unfaithful». Кроме того, в качестве приглашенного актёра он участвовал в продолжительном сериале о полицейских «Without a Trace», в коротком «Skin», затем у Джерри Брукхаймера в «Romeo and Juliet» и в вездесущем «Law & Order: Criminal Intent». Пробуя свои возможности, он исполнил небольшую роль в «Straight-Jacket», драме о конце 50-х годов, в которой актёр (Мэтт Лэтшер) скрывая свою нетрадиционную сексуальную ориентацию, вынужден жениться на наивной студийной секретарше (Керри Престон). Эмерсон создал образ сильный и яркий, поскольку сексуальная ориентация героя была весьма неоднозначна. Правда, затем он реабилитировался, благодаря своему брутальному персонажу в крайне жестоком фильме ужасов «Saw».
В фильме «The Legend of Zorro», Майклу представилась возможность сыграть хитрого наёмного убийцу и убежденного христианина-фундаменталиста, который считает свою работу «Божьей Волей», а для грешников у него лишь два револьвера, «Спасение» и «Проклятие». Возвращаясь к работе на телевидении, он принял участие в нескольких сериях «The Inside». В начале 2006 года, в течение второго сезона драматического сериала «Lost» Майкл наконец-то нашёл одну из ключевых ролей своей жизни. Изначально его герой, загадочный Генри Гейл планировался лишь на три эпизода, однако игра Эмерсона настолько впечатлила продюсеров, что его ввели в группу основных персонажей. Так, к концу сериала невзрачный Генри Гейл перевоплотился в манипулятора и лидера «Других» — Бенджамина Лайнуса. Ловко балансируя между добром и злом, Майкл приковывал зрителей к экрану, заставляя гадать, кто такой Бен Лайнус и какой его следующий ход. Это, безусловно, добавляло необходимый элемент интриги. Благодаря его зловещему персонажу, Эмерсон вновь был номинирован на Эмми, как Лучший драматический актёр второго плана.