Профессиональная карьера Майкла Гарнетта началась в низших лигах Северной Америки в 1999 году. В 2001 году на драфте НХЛ Майкл был выбран в 3 раунде под общим 80 номером клубом «Атланта Трэшерз». В сезоне 2005/06, во многом из-за травм ведущих вратарей клуба Кари Лехтонена и Майка Данэма, Гарнетт провёл в составе «Атланты» 24 матча в НХЛ.
В 2007 году в качестве неограниченно свободного агента Майкл присоединился к клубу российской Суперлиги нижнекамскому «Нефтехимику», а в следующем сезоне дебютировал в КХЛ в составе ХК МВД, с которым в 2010 году завоевал серебряные медали первенства. Также в том году канадец принял участие в матче всех звёзд КХЛ и попал в символическую сборную по итогам сезона. Перед началом сезона 2010/11 Гарнетт стал игроком московского «Динамо», в составе которого провёл 40 игр с коэффициентом надёжности 2.26.
2 мая 2011 года Майкл подписал двухлетний контракт с челябинским «Трактором».