В мужском парном разряде выступает обычно вместе со своим братом-близнецом Бобом. Оба брата также выступали в одиночном разряде за сборную США в Кубке Дэвиса. В паре братья выиграли с шестилетнего возраста более ста детских и молодёжных теннисных турниров, в том числе Открытый чемпионат США 1996 года среди юношей. Первый профессиональный титул пара завоевала в 1998 году в Атланте.
Первым турниром Большого шлема, в котором пара достигла финала, и первым, который она выиграла, стал Открытый чемпионат Франции 2003 года, где братья победили в финале Евгения Кафельникова и Пола Хаархуса. 2003 год братья закончили на первом месте в рейтинге мужских пар (успех, который они повторили затем в 2005, 2006 и 2007 годах). В дальнейшем пара выиграла все остальные турниры Большого шлема, завоевав «карьерный» Большой шлем (в общей сложности семь побед), и ещё восемь раз играла в финале. В 2005 году пара участвовала в финалах всех четырёх турниров Большого шлема, хотя выиграла только в Открытом чемпионате США. В 2005—2006 годах пара сыграла в финалах семи турниров Большого шлема подряд, рекордный показатель с тех пор, как в 1968 году в этих турнирах было разрешено участвовать профессионалам (см. Открытая эра). Из восьми совместных побед Боба и Майка в турнирах Большого шлема, четыре приходятся на Открытый чемпионат Австралии.
В 2003 и 2004 годах братья Брайан становились обладателями Кубка Мастерс, а в 2008 году играли в финале.
На турнире Farmer Classic в Лос-Анджелесе в 2010 году братья Брайаны завоевали свой 62-й совместный титул, побив рекорд Тодда Вудбриджа и Марка Вудфорда, бывших до этого самой титулованной мужской парой в мире. Кроме того, Майк Брайан выиграл ещё два турнира АТР в 2002 году; его партнёрами на этих турнирах были Махеш Бхупати (Индия) и Марк Ноулз (Багамские острова).
Братья защищают цвета флага США в Кубке Дэвиса с 2003 года и за это время одержали 15 побед при двух поражениях. В 2007 году Боб и Майк Брайаны вместе со сборной США завоевали Кубок Дэвиса. Пара дважды участвовала в Олимпийских играх, в Афинах проиграв в четвертьфинале будущим чемпионам, а в Пекине, где была посеяна под первым номером, завоевав бронзовые медали.
В смешанном парном разряде Майк Брайан четырежды играл в финалах турниров Большого шлема, одержав две победы, оба раза в паре с Лизой Раймонд: на Открытом чемпионате США 2002 года (в финале ему противостояли брат Боб и Катарина Среботник) и на Открытом чемпионате Франции в 2003 году. Ещё два раза (в 2001 и 2008 году) Майк Брайан играл в финале Уимблдонского турнира среди смешанных пар, причём во второй раз уже он в паре со Среботник уступил Бобу и Саманте Стосур.