Воспитанник ФК «Слима Уондерерс». Дебютировал за клуб в сезоне 1997/98, сыграв за команду 6 матчей и выиграв бронзовую медаль мальтийского чемпионата. В сезоне 1998/99 закрепился в основном составе клуба, забив в 23 матчах 8 мячей. Клуб Мифсуда по итогам чемпионата снова занял третье место. Привлёк внимание скаутов «Манчестер Юнайтед», в котором затем прошёл просмотр в июле 1999 года, однако не смог впечатлить качеством игры руководство клуба. В сезоне 1999/00 забил за «Слима Уондерерс» 21 гол в 28 матчах, однако клуб занял лишь четвёртое место в чемпионате; в сезоне 2000/01, принёсшем «Слиме» второе место, Майкл Мифсуд забил 20 голов в 25 матчах. Тогда же Мифсуд дебютировал в национальной сборной.
Перешёл в клуб Бундеслиги «Кайзерслаутерн» летом 2001 года. Регулярно забивал за резервную команду клуба, однако в 21 игре за первую команду забил лишь 2 гола, выходя на замены в концовках матчей.