Майкл Роберт Милкен родился в пригороде Лос-Анжелеса в еврейской семье, относившейся к верхней части среднего класса. Закончил Бирмингемскую среднюю школу (англ. Birmingham High School), где его одноклассницами были будущие актрисы Салли Филд и Синди Уильямс (Cindy Williams).
Милкен вырос близ Лос-Анджелеса, в благополучном, преимущественно еврейском районе Энчино в Сан-Фернандо-Вэлли. Его отец, Бернард Милкен, был бухгалтером. С десяти лет Майкл внимательно наблюдал, как отец заполняет налоговые декларации. Друг Майкла с детских лет, Гарри Горовиц, рассказывал, что необычайная энергия, отличавшая Милкена в последующие годы, проявилась в нем уже тогда: еще будучи подростком, он спал всего по три-четыре часа в сутки, а в школе считался признанным заводилой. И в юношеские годы, и в последующей жизни он избегал любых возбудителей – наркотиков, алкоголя, табака, кофе и даже газированных напитков.
Закончив в 1964 году Бирмингемскую среднюю школу в соседнем Ван Найсе, Милкен поступил в Калифорнийский университет в Беркли и в 1968 году окончил его с отличием. В то время как студенческое сообщество упивалось идеями воинствующих леваков, Милкен специализировался в области делового администрирования, управлял несколькими инвестиционными портфелями и состоял активным членом братства «Сигма Альфа Мю».
Он женился на своей школьной любви, Лори Анне Хакель, и отправился на восток, в Уортонскую школу бизнеса при Пенсильванском университете. Милкен учился только на «отлично», но, поскольку не успел написать одну работу, не смог закончить курс вместе с группой. Потом он написал ее совместно с одним профессором и получил степень магистра управления бизнесом.
В 1968 году закончил бакалавриат Университета Калифорнии в Беркли, после чего поступил в Уортонскую школу бизнеса Университета Пенсильвании, где успешно закончил программу MBA.
В 1969 году, учась в Уортоне, Милкен подал в филадельфийский офис фирмы, которая тогда называлась Drexel Harriman Ripley, заявку на летнюю работу. По словам Энтони Буфорда-младшего, тогдашнего директора Drexel, профессор из Уортона Роберт Хейджин персонально рекомендовал Милкена: «Боб сказал мне, что это самый невероятный молодой человек, который когда-либо у него учился».