Дебютировал в марте 1988 года.
В декабре 1988 года был впервые разыгран титул ВБО (WBO) в полутяжелом весе. Майкл Мурер стал чемпионом, нокаутировав Рамзи Хассана.
В 1991 году Мурер перешёл в тяжелый вес.
В июле 1991 года состоялся бой между Майклом Мурером и Алексом Стюартом. В конце 1-го раунда Мурер пробил правый хук в челюсть. Стаюрт зашатался. Мурер выбросил в голову несколько серий хуков, а затем провёл левый апперкот в челюсть. Стюарт рухнул на канвас. Он поднялся на счёт 4. После возобновления боя Мурер прижал противника к канатам и начал добивать. Он пробил левый крюк в голову противника. Стюарта отбросило на канат, и он рухнул на пол. Он с трудом поднялся на счёт 8. После этого прозвучал гонг. В середине 4-го раунда завязался размен. Мурер провёл правый апперкот в челюсть, а затем повторил удар. Стюарт рухнул на настил. Он поднялся на счёт 8. Его правый глаз был в крови. Рефери, видя это, прекратил бой. Стюарт с решением не спорил.
В мае 1992 года в бою за вакантный титул ВБО (WBO) в тяжелом весе Майкл Мурер нокаутировал Берта Купера.
В апреле 1994 года Мурер вышел на ринг против Эвандера Холифилда. Во 2-м раунде Мурер побывал в нокдауне. По итогам 12 раундов решением большинства судей победу получил Мурер.
В ноябре 1994 года Майкл Мурер встретился с Джорджем Форманом. Более лёгкий и подвижный Мурер за счёт скорости выигрывал бой. В середине 10-го раунда Форман пробил в челюсть двойку, затем еще пробил её ещё раз. Мурер рухнул на канвас. На счёт 10 он всё еще находился на полу. Рефери зафиксировал нокаут. Джордж Форман в возрасте 45 лет стал самым старым боксёром, завоевавшим титул чемпиона мира в тяжелом весе. Он вернул титул чемпиона мира спустя 20 лет после того как уступил звание в бою с Мохаммедом Али.
В июне 1996 года Мурер бою за вакантный титул IBF в тяжелом весе встретился в Германии с немцем Акселем Шульцем. Раздельным решением судей победил Мурер.
В ноябре 1996 года он нокаутировал непобеждённого Франсуа Боту.
В марте 1997 года Мурер решением большинства судей победил непобеждённого Вона Бина.
В ноябре 1997 года Мурер во 2-й раз встретился с Эвандера Холифилдом. Холифилд несколько раз посылал на канвас Мурера. В 8-м раунде Мурер был нокаутирован.
В августе 2002 года Майкл Мурер встретился с Дэвидом Туа. Туа сразу же пошел в атаку, загнав противника в угол. Самоанец провел левый хук по печени. Затем правый хук в голову, и сразу же левый туда же. Мурер упал спиной на канвас. Рефери досчитал до 5, и видя, что американец в тяжелом состоянии, прекратил поединок.
В июле 2004 года Мурер встретился с непобежденным кубинцем Элисео Кастильо. Мурер вышел на ринг с явным перевесом. Более легкий и подвижный Кастильо доминировал в бою, и выиграл единогласным решением судей.
В декабре 2004 года Майкл Мурер встретился с Василием Жировым. В середине 3-го раунда Жиров столкнулся с Мурером головой. Мурер опустился на колено, держась за голову. Рефери отсчитал нокдаун. Мурер поднялся на счет 9 и продолжил бой. В середине 9-го раунда Жиров зажал Мурера в углу и начал выбрасывать удары. Однако ему не хватало мощи. Мурер выбросил в контратаке несколько крюков в голову противника, и вышел из угла. Затем американец провел еще несколько крюков. Последним ударом - правым кроссом - Мурер попал точно в голову, и обессиленный Жиров свалился на канвас. Он поднялся на счет 4, но его шатало. Видя это, рефери остановил поединок. На момент остановки Жиров вел по очкам на картах всех судей.
В 2006—2008 годах Мурер выступал на тихой волне.