В 1940-е гг. преподавал в Университете Миннесоты (среди его учеников был, в частности, Роке Кордеро), проводил много времени в Мексике, Панаме и других латиноамериканских странах, собирая фольклорный музыкальный материал. Выработавшийся у Шефера в ходе этой работы интерес к проблемам звукозаписи привёл его в 1959 г. на должность директора только что основанной Студии электронной музыки при Торонтском университете, где Шефер работал вместе с Хью Ле Кеном. Помимо собственно музыкальных проблем, Шефер и Ле Кен занимались совершенствованием электронных технологий, используемых композиторами и исполнителями, сконструировав, в частности, хамограф (англ. hamograph) — приспособление для контроля за амплитудой и ритмом звуковых колебаний .