С 1997 года по 2001—ректор Еврейского университета в Иерусалиме. С 2004 года профессор Менахем Бен-Сасон возглавляет научно—исследовательский институт Бен-Цви по изучению истории общин восточных евреев.
Председатель Комиссии по образованию и член Совета управления музея «Яд ва-Шем». В Кнессете XVII созыва Менахем Бен-Сасон избран от списка партии «Кадима».