Суини начала работу в кино в качестве ассистента монтажёра. Она, в частности, была ассистентом Дуэйна Данема на фильмах Линча «Синий бархат» (1986) и «Дикие сердцем» (1990). После сериала «Твин Пикс» (в котором Суини тоже приняла незначительное участие) она стала главным монтажёром Линча. Кроме того, Линч сделал её ответственной за постпродакшн — таким образом, Суини стала и продюсером. Она также написала в соавторстве с Джоном Роучем сценарий по мотивам истории Элвина Стрейта, фермера из Айовы, который проделал путь в 400 километров на газонокосилке, чтоб навестить своего больного брата (сюжет Суини почерпнула из заметки в «New York Times»). По этому сценарию Линч поставил фильм «Простая история», который отличается от остальных лент режиссёра нарочито незамысловатой нарративной структурой.
В течение многих лет Суини была гражданской женой Дэвида Линча. В 1992 году у них родился сын Райли Суини Линч. Пара решила узаконить свои отношения в 2006 году, но всего через месяц Суини и Линч развелись.
Последним общим фильмом Линча и Суини стала «ВНУТРЕННЯЯ ИМПЕРИЯ» (2006). В 2009 году состоялся полнометражный режиссёрский дебют Мэри Суини — лента Baraboo.