Принадлежал к царской семье; единственный из четырёх наследовавших Мернептаху фараонов (включая Аменмес, Рамсес Саптах, Таусерт), чьё правления считалось легитимным.
Престольное имя Усер-хеперу-Ра Мери-Амон (Уаш-хуру-Риа Маи-Амана) означает «Мощен явлениями Ра, любимый Амоном». Своими престольным и личным именами Сети оказывал одинаковую честь четырём главным государственным богам того времени: Амону, Ра, Сету, Птаху.
Личное же имя было Сети Мернептах — «Сет, того кого возлюбил Птах».
Сети, ещё при жизни своего престарелого отца Мернептаха I, правил за него страной. По-видимому, царствование Сети было довольно мирным.
При Рамсесе Саптахе (Сипта) (согласно другим исследованиям, в правление Аменмеса) Сети II был наместником в Нубии. Сильные связи с влиятельным жречеством Амона разрешили ему сместить предшественника. Сети достиг некоторой стабильности и построил 2 храма (в Карнаке и Шмуне-Гермополе).
Сети II правил недолго и пал жертвой интриг.