Стоун родился в Хьюстоне, Техас, в семье у Шейлы Луис (урождённой Беласко, англ. Sheila Lois / Belasco) и Джеральда Уитни Стоуна (англ. Gerald Whitney Stone), профессора экономики (в честь них была названа семейная пара из «South Park», Шейла и Джеральд Брофловски; как и семья Брофловски, семья Мэтта Стоуна была иудейской). Также у Стоуна есть сестра по имени Рэйчел. Мэтт Стоун вырос в районе Денвера, позже переехал в Литтлтон, Колорадо. Он жил недалеко от школы «Колумбайн», однако, в противоположность большинству, посещал не её, а «Хэритейдж» в Литтлтоне. В Университете Колорадо в Боулдере Стоун получил диплом математика.
Во время учёбы в Университете Колорадо Мэтт Стоун познакомился с Треем Паркером; не считая короткометражек, их первым серьёзным проектом стал фильм «Каннибал! Мюзикл», впоследствии приобретший культовый статус. В 1997 году, благодаря популярности двух короткометражных мультфильмов «Дух Рождества», начался самый известный проект Стоуна и Паркера — «Южный парк». Кроме того, в 1998 году Паркер и Стоун вдвоём снялись в главных ролях в фильме Дэвида Цукера «БЕЙСкетбол»; благодаря ему критикой был отмечен талант Стоуна как комедийного актёра.
В 1999 году вышел полнометражный фильм на основе сериала — «Саут-Парк: большой, длинный и необрезанный», добившийся значительного критического успеха и номинированный на «Оскар».
В 2000 году Стоун вместе с Паркером пришли под воздействием LSD на церемонию «Оскара»; их наряды повторяли одежду, которую одевали Дженнифер Лопес и Гвинет Пэлтроу на предыдущих церемониях.
В 2001 году Стоун и Паркер создали сериал (вышло 8 серий) «Это мой Буш!» — пародию на шаблонные ситкомы и президента Джорджа Буша. В октябре 2004 года вышел полнометражный кукольный мультфильм «Команда Америка: мировая полиция»; Стоун является создателем вместе с Паркером, сопродюсером, сосценаристом и одним из ведущих актёров озвучания.
Вместе с Паркером Стоун также является участником группы DVDA, в которой он играет на бас-гитаре и ударных. DVDA не выпустили ни одного номерного альбома, однако их песни были использованы в саундтреках почти ко всем фильмам и сериалам Паркера и Стоуна, в том числе — к «Команде Америка». Стоун находится в хороших отношениях с группой Primus и их лидером Лесом Клэйпулом; у них на разогреве выступали DVDA, на альбоме Primus 1999 года Antipop Мэтт поучаствовал в качестве приглашённого продюсера на треке «Natural Joe», также он снялся в мокьюментари Клэйпула Electric Apricot: Quest For Festeroo.
28 сентября 2007 года Стоуном и Паркером были куплены права на телесериал канадского производства Kenny vs. Spenny; 14 ноября того же года шоу вышло на Comedy Central с десятью старыми и новыми эпизодами.
В настоящее время Стоун проживает в Лос-Анджелесе.
В 2002 году Мэтт Стоун дал интервью для документального фильма Майкла Мура «Боулинг для Колумбайна», в котором он говорил о социальном опыте времён своей юности в Литтлтоне и социальном отчуждении, которое может послужить причиной для трагедий вроде массового убийства в школе «Колумбина». Сразу после интервью в фильме находится короткий анимационный фрагмент об истории оружия, сделанный в стиле, напоминающем South Park.