Первоначально работал помощником продюсера на Cartoon Network вместе с Адамом Ридом с 1992 года.
В 1993 году предпринимает попытку адаптировать для Cartoon Network программы и мультфильмы для взрослых: так Томпсон и Рид создают шоу «Весёлый полдень» (High Moon Toons), показывая сначала классические «взрослые» мультфильмы — «Looney Tunes», «Неуловимый Дроу МакГроу», «Черничный гончий Пёс», «Флинстоуны» и другие мультфильмы Ханна-Барбера. Ведущими телешоу были куклы-ковбои, при том шоу оказалось достаточно пошлое. В 1993-1994 годах Адам Рид и Мэтт Томпсон начали пить и постоянно заявлялись на работу пьяными, спьяну они же создавали новые серии телешоу, так что оно становилось пошлее и пошлее, и Адама Рида чуть не уволили, а телешоу закрыли.
Режиссёром шоу выступил сам Мэтт.
В 1994 году четыре мультипликатора — Адам Рид, Мэтт Томпсон, Мэтт Майелларо и Дэйв Уиллис — создают новое комедийное шоу — «Космический призрак». Шоу получилось достаточно удачным, сам сериал имел большую популярность, что просуществовал с 1994 до 2008 года.
Мэтт Томпсон и Адам Рид основали студию 70/30 Productions, где снимали «Aqua Teen Hunger Force», «МорЛаб 2021», «Фриски Динго» и «Арчер».
В данный момент является исполнительным продюсером сериала «Спецагент Арчер» на телеканале FX с 2009 до 2011 года.