Воспитанник клуба «Реал Ислуга». Профессиональную карьеру начал в 2002 году в клубе «Универсидад де Чили», в составе которого выступает до сих пор, являясь капитаном команды и не желая переходить в какой-либо иной клуб, даже европейский. В первые 3 сезона провёл в общей сложности только 11 матчей в чемпионате страны, затем в 2005 году уже 12, а в 2006 году прочно занял место основного вратаря клуба, проведя 35 игр и став, вместе с командой, вице-чемпионом Апертуры, «Универсидад» тогда уступил лишь в финале клубу «Коло-Коло» по сумме двух матчей за счёт количества забитых мячей на чужом поле. В 2007 году провёл 40 встреч за основной состав и был признан по итогам сезона игроком года клуба. В 2008 году сыграл 36 матчей. В 2009 году провёл 24 матча, в итоге в том сезоне клуб занял 2-е место в регулярном турнире Апертуры, однако в стадии плей-офф обыграл в финале клуб «Унион Эспаньола» со счётом 2:1 по сумме двух матчей.
Выступал за молодёжную (до 20) сборную Чили, в её составе участвовал в проходившем в Уругвае финальном турнире чемпионата Южной Америки среди молодёжных команд в 2003 году.
В составе главной национальной сборной Чили выступает с 2006 года. В 2010 году Пинто был включён в заявку команды на финальный турнир чемпионата мира в ЮАР, где, однако, не сыграл ни разу.
Чемпион Чили: (1)
Вице-чемпион Чили: (1)
Лучший вратарь чемпионата Чили: (1)
Обладатель «Золотого мяча» чемпионата Чили: (1)
Лучший вратарь Америки: (1)
Лучший вратарь Южноамериканского кубка: (1)
Вратарь «Идеальной сборной Америки»: (1)
У Мигеля есть брат-близнец по имени Хуан Франсиско.