Третий сын португальского короля Жуана VI и Карлоты Жоакины Испанской. Родился в Португалии, но в 1807 году вместе с семьей уехал в Бразилию, где провел детство и юность.
Когда королевская семья вернулась в 1821 году в Португалию, Мигел, при поддержке матери, стал во главе абсолютистов. Его именем названы гражданские войны в Португалии в 1823—1834 между сторонниками сохранения конституционной монархии и приверженцами абсолютизма. 30 апреля 1824 он арестовал министров и окружил стражей королевский дворец. Король, однако, бежал на английском корабле, и Мигел был принужден просить прощения. Он был выслан из страны и поселился в Вене.
После смерти в 1826 году его отца короля Жуана VI, старший брат Мигела, Педру I, который, как бразильский император, не мог занять португальский престол, провозгласил свою семилетнюю дочь Марию португальской королевой и объявил ее невестой Мигела, который до ее совершеннолетия должен был быть регентом. Вместе с тем стране была дана либеральная конституция. Мигел согласился на всё, присягнул конституции, обручился со своей племянницей и принял 26 февраля 1828 регентство, но уже 13 марта распустил конституционные кортесы, созвал старые кортесы и заставил провозгласить себя королем. Тщетно Педру объявлял брата потерявшим все права и его обручение с Марией недействительным. Наконец Педру удалось занять Порту, а затем Лиссабон и снова ввести туда Марию. В 1834 году Мигел был вынужден подписать в Эворе капитуляцию, по которой он отказывался от всяких притязаний на престол и обещал никогда не возвращаться в Португалию. Вскоре, однако, он протестовал против подписанных им актов, вследствие чего потерял назначенное ему содержание. Мигел и его потомки были исключены из линии наследования португальского престола. Некоторое время Мигел жил в Италии, а после свадьбы поселился в Гейбахе на Майне. Конец жизни провел в Германии в замке Бронбах под Вертгеймом.
В 1851 году в возрасте 48 лет Мигел женился на Аделаиде, принцессе Лоуенштайн-Вертайм-Розенберг (1831—1909), от которой имел шестерых дочерей и сына. Он желал стать дедушкой Европы, что осуществилось уже после его смерти. Аделаиде удалось удачно выдать замуж их дочерей. Дети:
Также имел двух внебрачных дочерей.
После смерти бездетных сыновей короля Карлуша I — Луиша Фелипе и Мануэла II и пресечения Саксен-Кобург-Готской ветви династии Браганса потомки Мигела вновь стали претендентами на португальский трон.