Дата рождения точно не известна: либо 1530 либо 1535 год.
Внучатый племянник первооткрывателя Тихого океана, капитана Нуньес де Бальбоа, Васко. Совсем молодым выбрал карьеру военного. Участвовал в войнах Франции и Нидерландов, под руководством принца Мануэль Филиберто Савойя и Граф Эгмонт, и непосредственно у Родриго де Басана и находился среди победителей сражения при Гравелине над французскими армиями маршала Де Термес (1558).
По возвращении в Малагу в 1565 или 1566 году он вступил в Орден августинцев. Соблазненный желанием наставлять безбожников других миров в католической вере, он переправился в Индии (1566); в Богота долго общался с конкистадором Гонсало Хименес де Кесада о происхождении индейцев, также познакомился с Хуаном де Ороско, автора утраченного произведения «El Peregrino». В 1573 году он являлся жителем Потоси и находился в Кито в 1574, где начал «первые черновики» своей хроники; он вызвался умиротворить провинцию Эсмеральдас, 25 лет являвшуюся центром черных рабов и восставших индейцев (8 июля 1577), и был возведён в сан викария города Авила; в губернаторстве народов Кихос (1578) столкнулся с восстанием индейцев. Добился заключения мира, и представ в Лиме перед вице-королем Мартином Энрикесом, получил церковный приход селения Сан-Хуан, в долине Ика (1580). Оттуда он, кажется, осуществил короткие путешествия в различные города, чтобы собрать информацию. В Эквадоре он пробыл три года. И верный своему призванию миссионера перебрался в Чаркас; он добился назначения священником в Камата, в муниципалитете Ларрекаха, и там осуществлял деятельность по евангелизации индейцев в провинции Карабая, и посещал населенные пункты племен лекос и агуачилес (lecos и aguachiles) в амазонской сельве. 11 сентября 1594 года Кабельо Бальбоа находился в селении Сан-Адриан де Чипоко в провинции Чунчос.
Известны следующие его работы: