Сын режиссёра и актёра Фрица Ханеке и актрисы Беатрисы фон Дегеншильд, Михаэль Ханеке провёл детство в городке Винер-Нойштадт. Окончил Венский университет (там он изучал философию, психологию и театр). После выпуска стал кинокритиком, три года работал на телеканале «Зюдвестфунк» монтажёром. В 1973 году дебютировал как телережиссёр.
Полнометражный дебют Ханеке состоялся в 1989 году фильмом «Седьмой континент», получившем приз на фестивале в Локарно. Уже в этой ранней ленте проявились характерные черты стиля режиссёра, которые были развиты в следующих его фильмах. Шокирующая картина «Видеоплёнки Бенни» (1992) об угрозе популяризации насилия в массовой культуре была номинирована на премию «European Film Awards» в категории «Лучший фильм». «Забавные игры» были представлены на 50-м Каннском кинофестивале, причём программка фильма содержала предупреждение о наличии шокирующих сцен. Фильм, который киновед Андрей Плахов назвал самым запоминающимся в программе того фестиваля, не получил, тем не менее, на нём ни одной награды. Впоследствии, в 2008 году, Ханеке осуществил в США авторемейк «Забавных игр» под тем же названием. Для телевидения в том же 1997 году режиссёр поставил экранизацию романа Франца Кафки «Замок».
Успех ожидал снятый на французском языке фильм «Пианистка», который в 2001 году в Каннах принёс режиссёру «гран-при» (вторую по значимости награду), а исполнителям главных ролей Изабель Юппер и Бенуа Мажимелю — актёрские премии фестиваля. Лента «Скрытое» (2005), ещё один франкоязычный фильм Ханеке, подтвердила его репутацию крупного европейского режиссёра, а чёрно-белая философская картина «Белая лента» о природе человеческого насилия в 2009 году принесла ему «Золотую пальмовую ветвь», главный приз Каннского фестиваля. Награду Ханеке вручила председатель жюри фестиваля — Изабель Юппер.