Михаил Лисавенко родился в 1897 году в семье лесобъездчика. После окончания гимназии в Красноярске в 1917 году поступил на юридический факультет Томского университета и одновременно вольнослушателем на историко-философский факультет.
В 1919 году по семейным обстоятельствам Лисавенко отправляется в Ачинск. Там он работает в местном отделении коопсоюза и одновременно на своем приусадебном участке начинает любительские опыты по селекции растений.
В 1932 году Михаил Лисавенко участвует в первом Всесоюзном съезде колхозников-ударников в Москве. Здесь ему предложили возглавить опорный пункт Мичуринского НИИ в Ойрот-Туре (Горно-Алтайск).
К 1943 году опорный пункт был преобразован в плодово-ягодную станцию, а в 1950 году она переместилась в Барнаул и получила статус Алтайской опытной станции садоводства.
К 1967 году под руководством Михаила Лисавенко Алтайский НИИ садоводства располагал несколькими опорными пунктами, четырьмя питомниками и дендрарием. Площадь насаждений превысила 600 га, в год выращивалось до 2,5 млн саженцев.
Михаил Афанасьевич возглавлял научно-исследовательскую работу по селекции и изучению плодовых и ягодных культур. На основе гибридизации им были созданы новые улучшенные сорта с высокой урожайностью, приспособленные к сибирским условиям. Всего было выведено 128 сортов, в том числе 4 сорта яблони, 4 — вишни, 48 — чёрной смородины, 2 — красной смородины, 20 — крыжовника, 7 — малины, 1 — земляники. Лисавенко был инициатором введения в культуру черноплодной рябины и облепихи.
Лисавенко принадлежит более 300 опубликованных научных работ, в том числе «Садоводство», «Сибирский сад», «Плодоводство Сибири».
Учёный в течение 30 лет избирался депутатом Алтайского краевого и Барнаульского советов; был членом Всесоюзного и председателем краевого комитета защиты мира.
Скончался Михаил Лисавенко в 1967 году.