В 1988—1998 Аркадьев работал в тесном сотрудничестве с Г. В. Свиридовым. Принимал непосредственное участие в замысле, создании, комментировании и был первым исполнителем (совместно с Дм. Хворостовским) его последнего крупного вокального сочинения — поэмы «Петербург» для голоса и фортепиано на сл. А. Блока.
В 1989 состоялись первые сольные концерты Михаила Аркадьева за рубежом, он стал постоянным участником и муз. директором фестиваля фортепианной и камерной музыки «Русские вечера» в г. Морзум (Германия). Как пианист А. выступал со многими российскими дирижерами: Вл. Федосеевым, Ю. Симоновым, Р. Кофманом, Вл. Понькиным, С. Скрипкой и др.
В 1990—2003 гг. Аркадьев работал как пианист с Народным артистом России Дмитрием Хворостовским на всех основных сценах мира (с ним записаны 3 компакт-диска: на фирме «Филипс», 1994, 1997, на фирме «Делос», 2003). Аркадьев совместно с Хворостовским является автором новой исполнительской редакции поэмы Свиридова «Отчалившая Русь» (на сл. С. Есенина) (изд. «Музыка», 1996).
Его сочинения исполняются на российских и зарубежных сценах. В числе исполнителей — А.Рудин, В. Симон, А. Сафиулин, Т.Куинджи. В 1995 в Лионе (Франция) состоялась мировая премьера сочинения Аркадьева «Missa brevis» для смешанного хора, детского хора и органа (на лат. тексты) и запись его на фирме «REM»(Франция, 1995).
С 1998 года Аркадьев является приглашенным дирижером в различных симфонических оркестрах и оперных театрах России и за рубежом. В 2002—2004 Аркадьев — главный дирижер и муз. руководитель Государственного театра «Волгоградская оперная антреприза» (ныне «Царицынская опера»). С 2007 по 2011 г. -художественный руководитель и главный дирижер Тихоокеанского симфонического оркестра (Владивосток).
Аркадьев ведет большую педагогическую (с 1992 по 1999 — зав. кафедрой фортепиано Академии Хорового искусства, с 1999 — доцент кафедры специального фортепиано РАМ им. Гнесиных) и научную работу. Как музыкальный теоретик разработал концепцию «незвучащей» «неакустической» основы как базового элемента ритмической системы новоевропейской музыки. Ввел термины «время-энергия», «хроноартикуляционный процесс», «гравитационная ритмика», «осевая пульсация», «парадоксальная лига» и др. Его новаторские (по оценке Л. А. Мазеля) идеи продолжают и развивают стадиальную теорию ритма М. Г. Харлапа.
Известен не только как музыкант, но и как философ, автор оригинальной философско-антропологической концепции «лингвистической катастрофы».
Является участником политического движения «Солидарность».
В марте 2010 г. одним из первых подписал обращение российской оппозиции «Путин должен уйти».
Очередной годичный контракт Михаила Аркадьева на должности главного дирижера Тихоокеанского симфонического оркестра завершался в июле 2011 года. 1 июня 2011 года было сообщено, что на сайте Приморской краевой филармонии появилось объявление об открывающейся вакансии на эту должность. Позже, на вопросы СМИ представитель филармонии Татьяна Сергеева заявила: «Это обычная процедура. У нынешнего дирижера Михаила Аркадьева заканчивается контракт в июле, и мы должны открыть вакансию. Пока заявок не поступало, мы рассмотрим все варианты. В том числе и от Михаила Аркадьева».
Объявление конкурса не практиковалось ни разу за все предыдущие полные три сезона работы Аркадьева в Приморской филармонии, в то время как его годичные контракты всегда заканчивались в июле. Таким образом, утверждение представителя филармонии не соответствовали реальности и сложившейся практике взаимоотношений.
Сам Аркадьев тогда сказал, что однозначно ответить на вопрос, будет ли он дальше работать или нет, пока не может: «Пока я не могу сказать, готов ли продолжить сотрудничество с Приморской краевой филармонией. Это зависит от того, как филармония мыслит тактику и стратегию развития оркестра. Четыре года назад, когда я заключал первый контракт, много говорилось о необходимых изменениях, но, к сожалению, так реально ничего и не было сделано. Если филармония осознает необходимость перемен и готова меняться в преддверии саммита АТЭС, когда оркестр будет востребован и должен находиться в рабочем состоянии, мне есть смысл оставаться во Владивостоке.»
22 июня 2011 года было сообщено, что руководство Приморской краевой филармонии отказалось продлить контракт Аркадьева.
Аркадьев посылает в Администрацию, потом публикует письмо губернатору Дарькину (аналогичные письма были отправлены им Президенту РФ Д. А. Медеведеву, и министру культуры РФ А. А. Авдееву, о состоянии и проблемах Тихоокеанского оркестра.
На письма не последовало содержательного ответа.
28 июня 2011 г. выступил с открытым письмом против присоединения Союза композиторов РФ единым списком к Общероссийскому народному фронту и, соответственно, включения себя в состав этого Фронта без своего согласия.
Пресс-секретарь премьер-министра Владимира Путина Дмитрий Песков опроверг сведения о том, что увольнение дирижера Тихоокеанского оркестра Михаила Аркадьева связано с его отказом вступать в «Общероссийский народный фронт».
«Только что получили проверенные данные из Владивостока, согласно которым, информация, опубликованная в одной из газет, не совсем точная, — заявил Песков в интервью РИА „Новости“. — С уверенностью можно сказать одно — в случае с дирижером упоминание о фронте или использование фронта при прекращении трудовых отношений некорректно».
Несмотря на компанию в поддержку Аркадьева как в приморских, так и в российских и международных СМИ, контракт Аркадьеву не был продлен без внятного объяснения причин.
08 февраля 2012 года в «Гранях», на сайте «Эхо Москвы», на сайте «Новая газета» и в бумажной версии Новой газеты опубликован его блог «Я обвиняю»
Сочинения: (музыкальные) — для ф-но: «Sonata brevis»(1975), «Eine kleine Zaubermusik» (1975—1989), Четыре Элегии (1976); камерные: «Элегия и гимн» для виолончели, ф-но и трубы за сценой(1979), «Пассакалия» для скрипки соло(1976), «Маленький эпитафический концерт» для стр.квартета, ф-но и голоса, на латинские тексты (1975), вок.: «Три миниатюры» на слова древних японских и корейских поэтов для скрипки, ф-но, челесты, литавр, и голоса(1975), «Три стихотворения на сл. Р. М. Рильке» для голоса и ф-но(1978), «Три стихотворения на сл. И. Бунина» для голоса и ф-но, хор. «Четыре мадригала» на сонет П.Верлена для камерного хора, «Missa brevis» для смешанного хора, детского хора и органа (на лат. тексты);(литературные) — Временные структуры новоевропейской музыки. Опыт феноменологического исследования М.1993; Хроноартикуляционные структуры в клавирном творчестве И. С. Баха. Музыкальная академия. 2000. № 2; Фундаментальные проблемы теории ритма и динамика «незвучащих» структур в музыке Веберна. Веберн и Гуссерль. Музыкальная академия 2001. № 1, 2; И. С. Бах Гольдберг-вариации. Синтетический уртекст. Концепция и комментарии М. Аркадьева. Москва, 2002; Лирическая вселенная Г. Свиридова. В кн. Русская музыка и ХХ век. Москва, 1997; Диалоги о постсовременности (беседа с Т. Чередниченко). Музыкальная академия. 1998. № 1; К музыке Георгия Свиридова. Композитор и трансценденция. Музыкальная академия. 1996. № 1; Размышления о молодом композиторе. Советская музыка. 1989. № 12; Конфликт ноосферы и жизни (эскизное введение в «фундаментальную структурно-историческую антропологию»). В кн.: Ноосфера и художественное творчество. — Сб. ст. М., «Наука», 1991. Лит.: Л. А. Мазель. Достояние отечественной культуры. Работы последних десятилетий о ритме. Музыкальная Академия, 1995. № 2; Энциклопедия «Философы России 19-20 столетий». Москва, 2002, стр.62.