Михаил Алексеевич Протопопов родился в 1848 году в Костроме. Он приходился внучатным племянником тобольскому архиепископу Афанасию Протопопову, отец его был чиновником г. Чухлома.
Юный Михаил получил образование в Москве, в Константиновском межевом институте и какое-то время был офицером-топографом. Его журнальные выступления начались довольно поздно, но зато первая же его работа «Литературная злоба дня» сразу обратила на себя внимание и была опубликована в Отечественных записках под псевдонимом Н. Морозов. Статья отличалась горячностью тона. Суть позиции автора состояла в том, что и художественная литература, и литературная критика в поступательном развитии должны были бы обращаться к исчерпывающеу анализу социальных явлений. Взгляды критика сформировались под влиянием теоретических установок лидеров народничества Н. К. Михайловского и П. Л. Лаврова и в дальнейшем не претерпели существенных изменений. Протопопов оставался сотрудником журнала по отделу библиографии до его закрытия в 1884 году. В 1878 году Протопопов участвует в газете «Русская правда», в начале 80-х годов в «неблагонадёжных» журналах «Слово», «Устои», Русское богатство и «Дело». Его публицистические выстуления получали поддержку в среде той части молодёжи, которую привлекала доктрина народничества. В 1884 году после закрытия «Отечественных записок» и «Дела» он был арестован наряду со многими другими радикальными журналистами и после шестимесячного заключения выслан на несколько лет под надзор полиции в Чухлому.
Перерыв в журнальной деятельности продолжался до 1888 года. Занятия публицистикой возобновились в Любани (Новгородская губерния), здесь Протопопов опубликовал статью «Забытый поэт» о творчестве Л. А. Мея в январском номере петербургского Северного вестника, а с мая 1890 года он получил разрешение жить в Санкт-Петербурге. На протяжении 1890-х годов Михаил Алексеевич — деятельный сотрудник либерально-народнической Русской мысли, а в 1894—1896 гг. журнала Русское богатство, Н. К. Михайловского. В начале 1900-х годов он публикуется также в Журнале для всех.
Критическая деятельность М.А.Протопопова была посвящена главным образом современной художественной литературе и публицистике. Но сугубо художественная сторона, литературная убедительность произведений ему не столь важны, сколь важен анализ нравственных и социальных явлений. М.А.Протопопов считал себя последовательным сторонником литературно-критических взглядов шестидесятников: Чернышевского, Добролюбова и Писарева. Теоретическая мысль Протопопова содержит в себе мало оригинального, его роль, роль сторонника и популяризатора идей народничества. В этом смысле некоторые положения Протопопова можно рассматривать как вульгаризацию идей шестидесятников. В качестве критика-народника М.А.Протопопов выступал сторонником идейного искусства. По его мысли, произведения социально-направленные должны занять место прежних, психологических произведений. Литературной критикой, заслуживающей признания, он считал критику публицистическую, и с её точки зрения литературное произведение — всего лишь подходящий случай для формулировки своих взглядов на жизнь и анализа её явлений критиком-социологом. А психология творчества, особенности писательского дарования и его художественные приёмы оставляли М.А.Протопопова равнодушным. Он демонстративно гнушался эстетической критики.
В девяностые годы критик борется с теми ортодоксальными народниками, кто продолжал находить непреходящую ценность и идеал общественного устройства в устоях патриархальной деревни. Наряду с другими либерально-народническими публицистами, он ожесточённо спорит с выступившим на общественную арену марксизмом, с символизмом и декадентством. Он не дифференцировал эти течения общественной мысли, а рассматривал их как звенья одной цепи. Его пафос устремлён на борьбу с толстовством. Всем этим темам посвящён цикл статей под общим названием «Письма о литературе», печатавшихся в «Русской мысли», а также несколько самостоятельных статей. Особый цикл представляют собой также работы, написанные о писателях-народниках. Его позитивная программа исчерпывалась требованием просвещения народа в качестве универсальной панацеи от всех бед:
Постепенно он отходит от обсуждения вопросов современной жизни и заканчивает свою публицистическую деятельность за 12 лет до своей смерти, издав в 1902 году свой заключительный сборник критических статей. Как писал о нём современник, имея в виду период расцвета его деятельности:
В вину М.А.Протопопову ставили крайнюю полемическую категоричность характеристик и субъективность приговоров, но это был тот недостаток, который являлся следствием самой манеры, особенность которой отметил Венгеров, и который был общим и у других критиков той поры, в частности у Н. К. Михайловского, литературного соратника М.А.Протопопова. В последние годы публицист эволюционировал к либерализму. Венгеров также находит в заключительных литературно-критических статьях критика некоторые элементы мистицизма.