Михаил Давыдович Машковский родился года в уездном городе Пинске неподалёку от Бреста в семье учителя еврейской начальной школы Давида Мошковского (расстрелянного белополяками по ложному обвинению в числе группы евреев в 1919 году). В судьбе Михаила Давыдовича важную роль сыграли его братья, известные в своих областях специалисты — Яков Давидович Мошковский (1905—1939), военный и полярный летчик, один из организаторов воздушно-десантных войск в РККА и парашютного спорта, активный участник высадки экспедиции И. Д. Папанина на Северный полюс в 1937 г., начальник первой в СССР парашютной школы, погибший при выполнении 502-го прыжка с парашютом, и Шабсай Давидович Мошковский (1895—1982) — член-корреспондент АМН СССР, крупный инфекционист и эпидемиолог, много сделавший в области изучения малярии и борьбы с этим заболеванием. В память об этих людях одной из улиц Пинска дано имя «Улица братьев Машковских».
По окончании Пинской гимназии в возрасте 19 лет Михаил Давыдович приехал в Москву, поступил на работу в мастерские 2-й Московского государственного медицинского института, а в 1929 г. поступил на учебу на лечебно-профилактический факультет этого института, ныне РГМУ. По окончании учебы в 1934 г. проходил действительную военную службу в НИИСИ РККА, а с 1938 г. и до последних дней жизненный путь и карьера Михаила Давыдовича Машковского были связаны со Всесоюзным научно-исследовательским химико-фармацевтическим институтом (ВНИХФИ), ныне ОАО «ЦХЛС-ВНИХФИ» в Москве, в котором он прошёл трудовой путь от младшего научного сотрудника до заведующего лабораторией фармакологии.
Свыше 30 лет Михаил Давыдович был председателем Фармакопейного комитета СССР и заместителем председателя Фармакологического комитета СССР. Под его редакцией были выпущены IX и X издания Государственной фармакопеи, а также первые выпуски её XI издания. Он также был экспертом Всемирной организации здравоохранения по качеству лекарственных средств и изданию Международной Фармакопеи.. Михаил Давыдович Машковский являлся членом редколлегий нескольких медицинских журналов, включая «Регистр лекарственных средств России», главным редактором русского издания многотомного фундаментального информационного труда «Информация о лекарственных средствах для специалистов здравоохранения», выпускаемого Фармакопейной конвенцией США.
Высокий уровень научных заслуг Михаила Давыдовича Машковского оценён избранием его действительным членом Российской академии медицинских наук (1978), Почетным Президентом Всесоюзного (а затем и Всероссийского) научного общества фармакологов, а также членом ряда зарубежных научных обществ, награждением многими государственными наградами и премиями, присвоением звания Героя Социалистического Труда (1991). Он являлся почётным Президентом конгресса «Человек и лекарство».
Племянница М. Д. Машковского — детская поэтесса Эмма Эфраимовна Мошковская (1926—1981).
Михаил Давыдович Машковский автор более 500 научных работ, 120 авторских свидетельств и патентов на изобретения.
Среди лекарственных препаратов (генериков), в воссоздании которых он принимал участие: первые в СССР стимуляторы дыхания Цитизин и Цититон, антигистаминные (антиаллергические) препараты Димедрол и Дипразин, нейролептики Аминазин и Пропазин; антидепрессанты Имипрамин и Ипразид, ноотропные средства Ацефен, Аминолон, Пирацетам; первый синтетический анальгетик Промедол, средство для ингаляционного наркоза Фторотан, современные нестероидные противовоспалительные препараты Ортофен и Ибупрофен, сердечно-сосудистые средства Клофелин, Празозин и Пармидин, местный анестетик и антиаритмик Лидокаин.
На счету учёного также оригинальные отечественные лекарственные препараты, созданные под его руководством и при его непосредственном участии в ЦХЛС-ВНИХФИ. Среди нескольких десятков таких препаратов наркотический анальгетик Промедол, холиномиметическое средство Ацеклидин, альфа-адреноблокатор с выраженными антисеротониновыми свойствами Тропафен, антигистаминные препараты Фенкарол и Бикарфен, бронхорасширяющий препарат Тровентол, антидепрессанты Азафен, Инказан, Пиразидол и Тетриндол, психостимуляторы Сиднофен и Сиднокарб, ганглиоблокатор Димеколин, курареподобные препараты Диплацин и Квалидил, антигипертензивный препарат Метиаприл, антиаритмик Нибентан, альфа-бета-адреноблокатор Проксодолол.
В 1942 году, в разгар Великой Отечественной войны, Государственным медицинским издательством («Медгиз»), эвакуированным в Казань, выпущена первая книга Михаила Давыдовича Машковского «Новые лекарственные препараты (справочник для врачей)», написанная им ещё до войны в 1939 году, и ставшая предтечей принесшей автору без преувеличения мировую известность книги «Лекарственные средства (пособие по фармакотерапии для врачей)».
Первое издание «Лекарственных средств» вышло в 1954 году. При жизни Михаила Давыдовича Машковского увидело свет 14 изданий (не считая 6 стереотипных изданий). 15-е издание книги автор сдал в издательство незадолго до своей смерти в 2002 г. В 2005 г. оно вышло в свет.
В настоящее время справочник «Лекарственные средства» продолжает издаваться. В 2010 г. увидело свет новое (16-е) издание этой книги
— Я много лет дружил с Михаилом Давыдовичем, — рассказал на заседании, посвященном памяти М. Д. Машковского, которое прошло в рамках конгресса «Человек и лекарство» в апреле 2003 г. акад. С. Б. Середенин. — Его последняя книга — книга свидетеля того, как создавалась фармакология в мире и в России. Он никогда не считал себя в этом процессе судьей, а только свидетелем и участником этого движения. Главным своим делом он считал фундаментальные исследования для создания новых ЛС. Деятельность Машковского — доказательство того, насколько на доклиническом этапе ученый должен быть эрудирован, должен понимать процесс химико-технологического взаимодействия веществ. Одно из самых замечательных его качеств — способность воспринимать новации. Как только появлялись новые методы исследований, они сразу же появлялись в лаборатории Машковского. Он был удивительно ответственным человеком, все учились у него этому, он очень ответственно относился к оценке экспериментальных данных и к прогнозам.
— Я был аспирантом, когда познакомился с Машковским, и помню, как он очень внимательно меня разглядывал, — вспоминает А. П. Арзамасцев. — Через 5 лет встретился с ним в Женеве как с представителем Фармакопейного комитета СССР. Как фармаколог, он очень быстро вошёл в работу и пользовался авторитетом. Он был всегда умеренным консерватором, критично относился к идее быстрого использования какого-либо ЛС, вслушивался в аргументы противников. Он очень тщательно готовил документацию по лекарственным средствам для Совета Экономической Взаимопомощи (СЭВ). Имя М. Д. Машковского останется в науке на долгие годы, он остается почетным председателем Фармакопейного комитета.
— Очень важно, я полагаю, что М. Д. Машковский всегда боролся за «чистоту», за честность научной работы, а не за интересы компании-производителя ЛС, — добавляет членкор РАМН В. П. Фисенко. — Во все времена были частыми активные предложения заменить рецептурные препараты на безрецептурные, вывести из практики определенные ЛС. Со всеми предложениями он обращался на «Вы». Машковский сформулировал основные положения по лекарственной безопасности страны. Главный труд М. Д. Машковского уникален тем, что ему удалось популярно изложить материал об условиях рационального использования ЛС, сравнительные характеристики препаратов, их механизм действия, примеры взаимодействия, возможные побочные эффекты ЛС. Справочник используют и в основном цикле медицинского и фармакологического обучения, и в постдипломном образовании, и будут использовать ещё долгие годы.
— Михаил Давыдович был строгим и требовательным руководителем, — вспоминает любимый ученик М. Д. Машковского проф. Г. Я. Шварц. — Это вполне относилось и к нему самому. Он не терпел никакой приблизительности, многократно повторял эксперименты, был четок до педантичности, был гениальным редактором, выверял до запятой документацию, требовал абсолютного профессионализма. У него был аналитический ум, энциклопедическая эрудиция и государственный подход к решению научных проблем. Конечно, он пользовался очень высоким личным и научным авторитетом не только во ВНИХФИ, но и среди коллег-фармакологов и медиков. Он был настоящим Учёным и достойным Гражданином своей страны..