Михаил Николаев родился 13 ноября 1937 года в Октемском наслеге Орджоникидзевского района Якутской АССР в якутской семье.
Трудовую деятельность начал в 1961 году после окончания Омского государственного ветеринарного института в качестве ветеринарного врача в Жиганском улусе. Затем перешёл на комсомольскую работу: первый секретарь Жиганского райкома комсомола, заведующий отделом комсомольских органов Якутского обкома комсомола, первый секретарь Якутского городского комитета комсомола.
Член КПСС с 1963 года до её запрещения в августе 1991 года.
С 1969 по 1971 год учился в Высшей партийной школе при ЦК КПСС.
С 1975 по 1979 г. — заместитель Председателя Совета Министров ЯАССР.
С 1979 по 1985 г. — министр сельского хозяйства республики. Это был период, когда республика вышла на передовые позиции в Российской Федерации по производству сельскохозяйственных продукций, предприняты новые и смелые начинания в луговодстве, семеноводстве и по другим направлениям.
С 1985 по 1989 г. — секретарь Якутского обкома КПСС, курировал вопросы агропромышленного комплекса.
В декабре 1989 г. был избран Председателем Президиума Верховного Совета ЯАССР.
В апреле 1990 г. избран Председателем Верховного Совета республики. Депутат Верховного Совета ЯАССР IX-XI созывов и народный депутат Якутии XII созыва.
20 декабря 1991 г. избран первым Президентом Якутии, получив 76,7 % голосов избирателей. 28 декабря 1991 года Якутская Автономная Советская Социалистическая Республика (ЯАССР) была переименована в Республику Саха (Якутия). 16 января 1992 год М. Е. Николаев одновременно возглавил и правительство республики.
В 1996 году переизбран на второй срок, набрав 58,96 % голосов избирателей.
28 января 2002 года назначен представителем в Совете Федерации Федерального Собрания Российской Федерации от Правительства Республики Саха (Якутия). Избран заместителем Председателя Совета Федерации. В феврале 2007 года Президент Республики Саха (Якутия) В. А. Штыров вновь назначил М. Е. Николаева представителем Правительства Республики Саха (Якутия) в Совете Федерации. Член Комитета Совета Федерации по социальной политике, член Комиссии Совета Федерации по контролю за обеспечением деятельности Совета Федерации.
Член Совета Федерации первого и второго созывов.
Также является руководителем ряда общественных организаций. Президент Международного общественного движения «Восточное измерение», президент Национального общественного комитета «Российская семья».
Указом Президента Республики Саха (Якутия) Е. А. Борисова в июле 2010 года назначен Государственным советником Республики Саха (Якутия).
В декабре 2011 года избран депутатом Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации VI созыва от «Единой России». Член комитета Государственной Думы по региональной политике и проблемам Севера и Дальнего Востока.
М. Николаев женат (жена — Федора Никитична), у него трое детей и столько же внуков.