Родился в семье учителей. Окончил Московский институт тонкой химической технологии им. М.В. Ломоносова в 1953. Химик-органик по специальности. Работал в Институте горючих ископаемых АН СССР. Член СП СССР с 1967. Брат Всеволода Тихоновича Емцева, микробиолога, академика РАЕН.
Писал научную фантастику в соавторстве с Еремеем Парновым, но в начале 1970-х их тандем распался. Сольные книги Михаила Емцева — «Поле новых надежд», «Бог после шести» — не вызвали большого читательского энтузиазма. Для фантаста это был период богоискательства и правозащитной деятельности. Емцев подружился с Юрием Домбровским, входил в редколлегию самиздатского журнала «Поиски».