Михаил Фомич Букштынович родился в 6 сентября 1892 году в деревне Жомойдзи Виленской губернии. Белорус. В 1912 году успешно окончил Виленское коммерческое училище.
За время Первой мировой войны прошёл путь от рядового до поручика — командира роты. За отличия в боях дважды награждён.
В ноябре 1917-го возглавил Костромской красногвардейский отряд. В январе 1919 года назначен командиром 222-го интернационального полка. В 1920 году командир отдельной Туркестанской бригады Красных коммунаров. В 1921 — комендант крепости Кушка. В 1924 году окончил Высшую тактическую стрелковую школу. В 1927 — Курсы усовершенствования высшего начальствующего состава. В 1931 — Курсы при Военной академии имени М. В. Фрунзе. Перед арестом занимает должность заместителя начальника штаба Ленинградского военного округа.
В 1938 арестован по обвинению в «контрреволюционной деятельности», включая организацию терактов. Подвергался допросам с применением пыток, но виновным себя не признал. 28 мая 1939 года Военной Коллегией Верховного суда СССР приговорён к 15 годам лишения свободы с поражением в правах на 5 лет и лишением звания.
31 декабря 1942 года восстановлен в кадрах РККА с присвоением звания «полковник» и назначен заместителем командира 357-й стрелковой дивизии. За блестящее руководство войсками дивизии в Великолукской операции представлен к ордену Красного Знамени. Орден не получил, однако с него сняли судимость, вернули награды, отнятые в 1938 году, и повысили в должности.
С марта 1943 года командир 28-й стрелковой дивизии.
С 21 ноября 1943 по 17 февраля 1944 года — командир 100-го стрелкового корпуса.
С 18 февраля 1944 по 12 августа 1944 года — командир 19-го гвардейского стрелкового корпуса.
С 12 августа 1944 года начальник штаба 3-й ударной армии. В этой должности руководил войсками до конца войны, в том числе и в Берлинской наступательной операции.
Михаил Фомич Букштынович скончался 28 июня 1950 года. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище.