Из семьи морского офицера. Участник Первой мировой и Гражданской войн, в царской армии дослужился до звания штабс-капитана.
В начале 1918 года был мобилизован в Красную Армию. На вопрос, о том, как он может работать честно у красных, он ответил:
Начальник оперативного управления Северо-Урало-Сибирского фронта (28.VII.— 30.VIII.18 г.), начальник штаба 3 армии (30.VIII.18 г.—1.19 г. и 2.V— 5.XII.20 г.), в августе-октябре 1918 года командир этой же армии.
Член комиссии по учету и организации вооруженных сил Республики (1.19 г.—IV.20 г.), помощник начальника штаба Юго-Западного фронта (6—28.XII.20 г.), начальник штаба Киевского ВО.
В 1935 году присвоено звание комкора.
Образование — высшее, закончил Академию Генерального штаба.
Арестован 15 апреля 1937 по обвинению в шпионаже, вредительстве и участии в контр-революционной террористической организации. В показаниях арестованного 22 мая маршала Тухачевского от 1 июня обвинен в передаче сведений немецкой разведке.
Попал в так называемые «сталинские списки» — подготовленные органами НКВД списки лиц, подлежащих суду Военной Коллегии Верховного Суда СССР. В списке был отнесен к 1-ой категории, что означало рекомендованную меру наказания расстрел. Список от 10 июля 1937 года, содержащий имя М. И. Алафузо, был завизирован лично Сталиным и Молотовым.
Осужден 13 июля 1937 года Военной коллегией Верховного суда СССР по упрощенной процедуре (без вызова свидетелей) и в тот же день расстрелян на Донском кладбище.
Реабилитирован 22.11.1960 решением ВКВС СССР.