Родился 1 (13) ноября 1858 года в деревне Будихино Рыбинского уезда Ярославской губернии, ныне Рыбинского района Ярославской области, в крестьянской семье. С 6 лет обучался грамоте у крестьянина-грамотея вместе с другими крестьянскими детьми. В 10 лет переехал в Рыбинск и, служа в трактире своих братьев, прошёл Рыбинское приходское (1869-1870 гг.) и уездное училище (окончил в 1873 г.). В августе 1873 года отправляется вместе с матерью в Ярославль для поступления в Ярославскую гимназию, но из-за неимения «нужных бумаг» не был допущен к вступительным экзаменам. Через год (август 1874 года) после самостоятельной подготовки к сдаче вступительных экзаменов повторяет попытку поступления. Но, успешно сдав такие дисциплины, как закон божий, история, география, русский язык, арифметика и алгебра, проваливает экзамены по языкам: французскому, латинскому и греческому. Лишь счастливый случай решил судьбу молодого человека – на экзамене присутствовал инспектор гимназии – человек проницательный и добрый, который уговорил учителей счесть знания мальчика за удовлетворительные и принять его не в четвертый класс, как предполагалось при поступлении, а в третий.
Уже на первых порах ученик третьего класса Михаил Коновалов показал, что инспектор гимназии, по настоянию которого он был принят, не ошибся в нем. В первый же год пребывания в гимназии он стал лучшим учеником в классе. Затем этот успех был закреплен: вплоть до восьмого класса он оставался первым учеником. В 1880 году Михаил Коновалов окончил Ярославскую гимназию с золотой медалью.
Еще обучаясь в гимназии, Коновалов поставил себе целью поступить в Московский университет, а потому летом 1880 года, сдав выпускные экзамены, он отправился в Москву. Обучаясь в гимназии, Коновалов увлекся глубоким изучением языков, поэтому дальнейшее будущее виделось ему на историко-филологическом факультете Московского университета. Но этим планам не суждено было сбыться: приехав в Москву, Коновалов случайно встретил своего знакомого по Ярославлю, который обучался на естественном отделении физико-математического факультета Московского университета, и последнему пришла в голову мысль показать будущему студенту университетские лаборатории и кабинеты естественных наук. Коновалов, окончивший классическую гимназию, где основное внимание уделялось изучению гуманитарных наук и языкам, был поражен всем увиденным и услышанным. И после некоторых колебаний решил изучать естественные науки. После длительной подготовки Коновалов блестяще прошел вступительные испытания, и в списках принятых на 1 курс естественного отделения физико-математического факультета Московского университета его фамилия заняла достойное место. Из всех предметов, изучавшихся на первом курсе, наибольший интерес для Коновалова представляла химия, с которой он впервые познакомился в Московском университете, так как в гимназии в те годы она не изучалась. Но главным в его обучении стал второй курс, где в качестве изучаемой дисциплины появилась органическая химия – именно она стала для студента Коновалова той наукой, которой он посвятил всю жизнь. Преподавателем этой дисциплины был Владимир Васильевич Марковников. Еще обучаясь на третьем курсе Московского университета, Коновалов под непосредственным руководством В.В.Марковникова начал выполнение кандидатской (выпускной) работы по теме «Нефтяные углеводороды». В 1884 году Коновалов, получив отличные оценки на выпускных экзаменах, окончил университет с дипломом первой степени и званием кандидата (утвержден 20 сентября 1884 г.). 4 июля 1884 года научный руководитель Михаила Коновалова В.В.Марковников направил декану физико-математического факультета ходатайство «О предоставления Коновалову М.И. стипендии для оставления при Московском университете».
В октябре 1884 Коновалов назначен лаборантом при технической лаборатории Московского университета. Одновременно он начал преподавать физику в частном учебном заведении О.А. Виноградской. 1 февраля 1885 г. министром просвещения Коновалов утвержден оставленным на 2 года при Московском университете «для приведения в профессорское звание». С этого момента Коновалов прекратил работу в должности лаборанта. 25 октября 1884 г. состоялся первый доклад Коновалова на заседании физико-химической комиссии «О свойства нонанафтена», выделенного им из кавказской нефти. 25 апреля 1886 г. на заседании Отделения химии Русского физико-химического общества под председательством Менделеева Д.И. Коновалов М.И. был зачислен в члены РФХО. Осенью 1886 г. по ходатайству Марковникова В.В. Коновалов был утвержден в должности сверхштатного лаборанта при химической лаборатории органической химии. В феврале 1887 г. после успешной сдачи экзаменов утвержден магистрантом по химии. В декабре того же года после проведения пробных лекций Коновалов утвержден в должности приват-доцента Московского университета.
Весной 1887 г. Коновалов закончил исследование на тему «Гексагидропсевдокумол и его отношение к нонанафтену». Об этой работе им вскоре было доложено на заседании Русского физико-химического общества. Через некоторое время статья была опубликована на страницах журнала Общества. 12 мая 1887 года Коновалов выступил на заседании физико-химической комиссии Отделения физических наук Общества любителей естествознания, антропологии и этнографии (Москва) с новым сообщением: «О некоторых реакциях нонанафтена». Изучая действие различных реагентов на нонанафтен (С9Н18), Коновалов впервые обнаружил, что при взаимодействии с разбавленной азотной кислотой он превращается в нитросоединение C9H17NO2. «Выдающееся значение для дальнейшего хода работ,- подчеркивал Марковников В.В.,- имело неожиданное открытие М.И.Коноваловым метода нитрования слабой азотной кислотой. Оно позволяло получать ряд производных нафтенов прежними способами или совсем не получавшихся, или же достигавшихся с большим трудом.» 18 мая 1888 года Коновалов выступил на заседании физико-химической комиссии с сообщением «К характеристике нафтенов», в котором заявил, что более подробное исследование полученных соединений и переход через них от высших нафтенов к низшим составляет цель будущих работ автора. В ходе дальнейшей работы Коновалову удалось получить нонанафтеновый спирт. В 1889 г. опубликована магистерская диссертация Коновалова «Нафтены, гексагидробензолы и их производные». Магистерская диссертация Коновалова подводила итоги исследованиям нафтенов, выполненным с начала 1880-ых, и прежде всего тем, которые проводились в лаборатории Московского университета. На примере нонанафтена Михаил Иванович продемонстрировал те методы выделения, очистки и получения различных производных нафтенов, которые были разработаны Марковниковым. Отнеся нафтены к классу полиметиленовых соединений, Коновалов правильно решил вопрос об их химическом строении. В диссертации также содержались некоторые идеи, которые потом были реализованы на практике. В частности, Коновалов отмечал, что нафтены под действием окислителей или атмосферного кислорода при определенных условиях могут окисляться и конденсироваться, теряя часть своего водорода. Развитием этой идеи впоследствии стала разработка в СССР в 1930-ые годы парофазно-окислительного крекинга с использованием в качестве окислителя кислорода воздуха; такой крекинг позволяет получать большие количества ароматических и непредельных углеводородов. 8 декабря 1889 г. Коновалов блестяще защитил диссертацию с присуждением степени магистра химии. 15 октября 1889 г. на заседании Общества любителей естествознания, антропологии и этнографии Коновалову была присуждена премия Мошнина за сочинение «Нафтены, гексагидробензолы и их производные». На VIII съезде русских естествоиспытателей и врачей в Петербурге (28 декабря 1889 - 5 января 1890 гг.) Коновалов представил 2 доклада: «О нонанафтенах» и «О производных нонанафтенов». Следует особо подчеркнуть, что в них не только содержались ценные экспериментальные материалы, характеризующие свойства и строение углеводородов кавказской нефти, но и выдвигались новые задачи в области их изучения. С января 1889г. Коновалов избран секретарем Физико-химической комиссии отделения физических наук. 27 сентября 1890 г. эта комиссия преобразовалась в Отделение химии. Здесь 11 сентября 1891 г. Коновалов сделал первое сообщение на тему: «Действие азотной и азотистой кислот на углеводороды». Этой работой было положено начало новому направлению научного творчества М.И.Коновалова, которое привело его к многочисленным открытиям. В течение двух лет (сентябрь 1891 – сентябрь 1893гг.) Коновалов сделал девять сообщений о своих научных работах. Почти все они были вехами на пути к докторской диссертации. 29 октября 1893г. магистр Коновалов защитил диссертацию под названием «Нитрующее действие азотной кислоты на углеводороды предельного характера» (однако стоит отметить, что метод нитрования органических соединений был открыт Михаилом Ивановичем несколько раньше - в 1888 году, и впоследствии он получил название «реакция Коновалова»). Докторская диссертация Коновалова по важности сделанных им открытий, ясности изложения, глубине выводов относится к классическим исследованиям в области органической химии. Диссертация состоит из четырех глав. В трех первых изложены опыты действия азотной кислоты на нонанафтен, предельные углеводороды и ароматические углеводороды, содержащие насыщенные боковые цепи. Здесь же приведены характеристики полученных нитросоединений и их производных. В каждой главе сделан обзор литературы по исследуемому вопросу. Четвертая глава посвящена выводам из фактического материала, изложенного в первых трех главах. 11 декабря 1893г. Совет университета утвердил Коновалова в степени доктора химии. 18 января 1894г. Коновалов пожалован «за отлично-усердную службу и особые труды орденом св.Станислава 3 степени». В 1894г. Коновалов опубликовал статью «Нитрующее действие азотной кислоты на непредельные углеводороды», целью которой было выяснить насколько легче идет нитрование этих углеводородов сравнительно с предельными, выработать метод наилучшего титрования и, главное, - выделения непредельных нитросоединений, до сих пор еще так мало исследованных.
В мае 1896г. скончался профессор Шене Э.Б., занимавший в течение многих лет кафедру химии в Московском сельскохозяйственном институте. Директор института К.А.Рачинский решил пригласить на освободившуюся кафедру приват-доцента Московского университета Коновалова М.И. 5 августа 1896г. – «Высочайшим приказом по гражданскому ведомству переведен на службу по ведомству министерства земледелия и государственных имуществ приват-доцент и сверхштатный лаборант при лаборатории органической и аналитической химии Московского университета, доктор химии Коновалов М.И. профессором по кафедре химии в Московский сельскохозяйственный институт». Уже через несколько месяцев после прихода усилиями Коновалова была создана научно-исследовательская лаборатория, оборудованная всеми необходимыми приборами, снабженная посудой и химическими реактивами. Здесь, в новом учебном заведении, Коновалов продолжил магистральное направление своего научного творчества – изучение нитрующего свойства азотной кислоты на различные органические соединения. Среди работ, проведенных в лаборатории института, особый интерес представлял разработанный Коноваловым в 1898 г. «удобный способ превращения вторичных и первичных нитросоединений в соответствующие оксимы и кетоны, или альдегиды». Способ заключался в восстановлении щелочной соли нитросоединения солянокислым раствором хлористого олова. В лаборатории Сельскохозяйственного института Коновалову удалось обогатить органическую химию интересным открытием – он впервые получил изонитросоединения, о чем им было доложено на заседании Русского физико-химического общества 8 октября 1898 года. 25 ноября 1898г. на заседании Общества любителей естествознания, антропологии и этнографии Коновалов выступил с сообщением об искусственном приготовлении индиговых красок с демонстрацией ряда опытов. Из работ, посвященных действию азотной кислоты на различные углеводороды, стоит упомянуть о нитровании мезителена. Эту работу он выполнял совместно со своими учениками. В 1899 г. в «Известиях Московского сельскохозяйственного института было опубликовано исследование о нитровании углеводородов предельного характера в закрытых и открытых сосудах. 1899г.¬ в Журнале Русского физико-химического общества появилась новое исследование Коновалова, вышедшее из лаборатории Сельскохозяйственного института «Получение альдегидов ароматического ряда и искусственное приготовление индиговых красок». Автор указывал, что разработанный им ранее способ перехода от нитросоединений к кетонам и альдегидам может служить новым методом получения ароматических альдегидов из соответствующих углеводородов. В 1899г. появилась работа Коновалова М.И. и Плотникова В.А., в которой описывался ряд новых соединений галогенидов алюминия с органическими и минеральными веществами. Исследования в данном направлении были продолжены Плотниковым В.А. в лабораториях Киевского политехнического института. Под «занавес» своего пребывания в Московском сельскохозяйственном институте Михаил Иванович занялся работой агрохимического характера – изучением возможности процесса денитрификации селитры в почве под влиянием восстанавливающих веществ. Как указывалось в опубликованном сообщении (1900г.) работа исполнена студентами Постниковым Н., Лушниковым М и Тулайковым Н. под руководством профессора Коновалова М.И. Лабораторные опыты показали, что закисные соли железа, а также гумус действительно способны восстанавливать селитру до аммиака, хотя и весьма медленно при обычной температуре. Таким образом, была экспериментально доказана возможность денитрификации селитры в почве без участия микробов. В сообщении также указывалось и то, что исследование далеко не завершено, но остановлено вследствие ухода научного руководителя из лаборатории. С 1 июля 1899 года приказом министра финансов профессор Сельскохозяйственного института, доктор химии, статский советник Коновалов М.И. назначался ординарным профессором Киевского политехнического института и исполняющим должность декана химического отделения на 2 года.
Сразу же по приезде в Киев (август 1899 г.) Коновалов включился в работу по устройству Института и организации в нем занятий. Являясь деканом химического отделения, Коновалов крепко держал в своих руках руль управления учебным процессом. Своевременно были разработаны учебные планы и подготовлены программы по всем дисциплинам, преподававшимся на химическом отделении. Коновалов неизменно проявлял заботу о студентах, которую вполне можно назвать отеческой. Столкнувшись с проблемой отсутствия кухмистерских вблизи Института, по его предложению правление Института выделило для создания столовой две большие квартиры в доме, где жили профессора. Декан факультета становится заведующим студенческой столовой. Коновалов в составе большой комиссии под предводительством Менделеева Д.И. участвовал в составлении устава Института. Из-за трудного материального положения обучающихся студентов комиссия утвердила за Институтом право освобождать от всей платы за обучение (или от половины этой платы) до половины всего числа студентов. С 1903 года с разрешения высшего начальства открыло свою деятельность «Общество вспомоществования нуждающимся студентам» под руководством Коновалова. В ноябре 1899 года редакция Журнала Русского физико-химического общества получила 2 статьи от только что переехавшего в Киев Коновалова. В работах указывалось, что им продолжаются исследования в области получения солей нитросоединений с аммиаком и с азотистыми органическими основаниями. В исследованиях Коновалова принимали участие не только новые ученики – студенты политехнического института, но и его старые сподвижники, такие как З.В.Кикина, которая в 1900 году приехала в Киев, чтобы поработать в лаборатории своего учителя. Их совместное исследование «Нитрование дигидрокамфена и хлоргидрата пинена» было опубликовано в «Журнале Русского физико-химического общества». Только за период с 1901-1904 гг. Коноваловым было сделано 17 докладов, опубликованных в виде статей в «Журнале Русского физико-химического общества» (всего же в «Журнале Русского физико-химического общества», начиная с 1884 года, им было опубликовано 85 экспериментальных работ). В период с осени 1902 года по 1904гг. Коновалов М.И. занимал пост директора Киевского Политехнического института, от этой должности он был освобожден в 1904 году по собственной инициативе. В 1905 году при гимназии Жекулиной А.В. (Киев) были созданы женские курсы, первым директором которых стал Коновалов, утвержденный в этой должности сроком на 2 года. М.И.Коновалов занимался не только «чистой» химией, но и химией прикладной: он принимал участие в исследовании воды нового колодца на берегу Днепра(1901), был экспертом по решению вопроса о возможной потере веса костей (1902) и об утечке нефти (1904) при перевозке их по железной дороге; по просьбе правления Киевского газового общества давал заключения, касавшиеся применения вырабатываемого Обществом газа для освещения города (1903).
Коновалов М.И.- автор двух диссертаций.Им напечатано свыше 85 экспериментальных работ в «Журнале Русского физико-химического общества» (с 1884), в «Bericht. d. deutsch. Chem. Gesellsch.» (Берлин), в «Comptes rendus de l’Acad. des se. de Paris», в «Известиях Московского сельскохозяйственного института» и в «Известиях Киевского политехнического института» по следующим вопросам:
Кроме того, напечатал: в сборнике «В помощь самообразованию» и в «Ежегоднике по физике, химии и пр.» три популярные статьи по химическим вопросам, а также — издал отдельной книжкой — «Практические упражнения по общей химии» (1905).
В 1887 году Коновалов Михаил Иванович женился на Муравьевой Любови Михайловне, которая была моложе его на 7 лет. Своих детей у супругов не было, поэтому в 1895 году на основании «Определения Московского окружного суда» Коноваловы усыновили семилетнего мальчика – питомца Московского воспитательного дома. Впоследствии ими был усыновлен еще один мальчик.
Осенью 1906 года производилась наладка правильного функционирования недавно сданной в эксплуатацию станции для биологической очистки сточных вод Института. 12 ноября Коновалов направился для очередного осмотра этой станции и попал одной ногой в незакрытый люк канализационного колодца, в результате чего получил тяжелую травму. Несмотря на все принятые медицинскими светилами меры, спасти больного не удалось. 12 декабря 1906 года Михаил Иванович Коновалов, которому лишь месяц с небольшим назад исполнилось 48 лет, ушел из жизни. Похоронили Коновалова М.И. на Лукьяновском кладбище в Киеве.