В то время положение православия на правобережной Украине, принадлежавшей Польше, было весьма незавидное. Значко-Яворский, назначенный правителем всех украинских православных церквей, принял под свою защиту возвращавшихся из унии. Униатское духовенство начало преследовать отпадавших и жаловалось на Значко-Яворского, как на подстрекателя к отпадению. Значко-Яворский весьма деятельно защищался, в том числе ездил искать защиты в Петербург и Варшаву и успел добиться королевской привилегии для православных, за что позже подвергся преследованию со стороны униатов.
Между тем началось народное восстание, известное под именем «колиивщины», Мотронинский монастырь стал очагом этого движения. Значко-Яворский в это время был за Днепром, поэтому трудно определить степень его участия в подготовке и организации восстания. Молва приписывала ему опубликование подложной «Золотой грамоты», будто бы присланной императрицей Екатериной и побуждавшей народ к восстанию. Как бы то ни было, Значко-Яворский после подавления восстания был привлечён к суду и временно был переведён в Переяславский-Михайловский монастырь. Этим закончилась его политическая деятельность; он управлял монастырями в Киеве (Выдубицким), Лубнах и Глухове. Ему посвящено исследование Ф. Г. Лебединцева, напечатанное в 1 ч. 2 т. «Архива Юго-Западной России» (Киев, 1864).