Родился 3 сентября 1924 года в деревне Дубровке Хотимского района Калининского округа Белорусской ССР в крестьянской семье. Отец — Корней Ефимович Пилипенко (1902—1981), мать — Серафима Анисимовна Пилипенко (1904—1939). Супруга — Лариса Павловна Пилипенко (род. в 1928), урождённая Шелепенко.
За проявленные мужество и героизм, Указом Президиума Верховного Совета СССР за участие в форсировании Днепра, прочное закрепление на правом берегу в бою 29 октября 1943 года Михаилу Корнеевичу Пилипенко присвоено звание Героя Советского Союза.
В 1986 году участвовал в ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС в 30-ти километровой зоне, впоследствии чего получил инвалидность I-ой группы как ликвидатор Чернобыльской катастрофы.
В связи с выходом на пенсию в ноябре 1988 года, Михаил Корнеевич уволен из рядов Вооруженных Сил СССР.
Проживал в Киеве до 2002 года.
С 2002 года переехал в Москву на постоянное место жительство.
Похоронен на центральной аллее Люблинского кладбища города Москвы.