Родился 18 ноября 1905 года в бедной крестьянской семье. В 16 лет, после смерти отца, чтобы прокормить семью — двух младших братьев и мать, устроился разнорабочим на Таганрогский металлургический завод. Учился на вечернем рабфаке. Стал электриком, помощником сталевара. В 1924 году вступил в комсомол. В 1926 году избран секретарем заводской комсомольской организации. В 1927 году стал членом ВКП(б) и был направлен Северо-Кавказским крайкомом ВКП(б) секретарем окружкома комсомола во Владикавказ.
В 1929 году получил направление на учебу в Москву в коммунистический университет. В 1931 году возвращается в Таганрог и избирается председателем завкома партии Металлургического завода.
В 1933 году новый первый секретарь Таганрогского горкома ВКП(б) С. Х. Варданиан обращает внимание на перспективного молодого работника и рекомендует его секретарем парткома Таганрогского кожевенного завода. В 1933 году горком рекомендует Бондаренко Михаила Марковича секретарем парткома на одно из крупнейших предприятий Таганрога — завод «Красный котельщик».
В 1934 году Бондаренко Михаил Маркович рекомендован и единогласно избран секретарем парткома Авиационного «номерного» завода — № 31.
В 1935 году по настоянию первого секретаря Таганрогского горкома ВКП(б) С. Х. Варданиана Михаил Бондаренко становится вторым секретарем Таганрогского горкома ВКП(б) и курирует промышленность города Таганрога.
В 30-е годы М. М. Бондаренко активно выступает в партийной печати как журналист.
Вскоре постановлением Азово-Черноморского крайкома ВКП(б) по распоряжению первого секретаря Азово-Черноморского крайкома ВКП(б), члена ЦК ВКП(б) Б. П. Шеболдаева его назначают инструктором Азово-Черноморского крайкома ВКП(Б). Но по настоятельной просьбе М. М. Бондаренко Шеболдаев возвращает его в Таганрог на должность второго секретаря Таганрогского горкома ВКП(б).
После ареста С. Х. Варданиана в 1936 году М. М. Бондаренко подает заявление новому первому секретарю Таганрогского горкома ВКП(б) Пугачевскому с просьбой освободить его от обязанностей второго секретаря, так как он считает себя не вправе исполнять обязанности второго секретаря горкома, пока не выяснится «Дело» с С. Х. Варданианом. До декабря 1937 года М. М. Бондаренко переводится на хозяйственную работу.
6 декабря 1937 года он был арестован, перевезен в Ростовскую тюрьму и по «делу Варданиана» по 58 статье был приговорен к высшей мере наказания — расстрелу.
В 1957 году Таганрогский горком ВКП(б) (КПСС) по заявлению сына Бондаренко Г. М. восстановил в рядах КПСС Бондаренко Михаила Марковича посмертно.