Родился 23 января (4 февраля) 1873 года в Елецком уезде Орловской губернии (ныне Елецкий район Липецкая область), в фамильном имении Хрущёво-Лёвшино, которое в своё время было куплено дедом, преуспевавшим елецким купцом Дмитрием Ивановичем Пришвиным. В семье было пятеро детей.
Отец будущего писателя Михаил Дмитриевич Пришвин после семейного раздела получил во владение имение Констандылово и немало денег. Жил он по-барски, водил орловских рысаков, выигрывал призы на конных скачках, занимался садоводством и цветами, был страстным охотником.
Однажды отец проигрался в карты, поэтому пришлось продать конный завод и заложить имение. Он не пережил потрясения и умер, разбитый параличом. В романе «Кащеева цепь» Пришвин рассказывает, как здоровой рукой отец нарисовал ему «голубых бобров» — символ мечты, которой он не смог достичь. Тем не менее, матери будущего писателя, Марии Ивановне, происходившей из старообрядческого рода Игнатовых и оставшейся после смерти мужа с пятью детьми на руках и с имением, заложенным по двойной закладной, удалось выправить положение и дать детям достойное образование.
В 1882 году Михаила Михайловича Пришвина отдали учиться в начальную деревенскую школу, в 1883 году он был переведён в первый класс Елецкой классической гимназии. В гимназии успехами не блистал — за 6 лет учёбы дошёл только до четвёртого класса и в этом классе должен был быть очередной раз оставлен на второй год, но из-за конфликта с учителем географии В. В. Розановым — будущим известным философом — был из гимназии отчислен. Заканчивать обучение пришлось в Тюменском реальном училище (1893 год). Учился в Рижском политехникуме, в 1900—1902 годах на агрономическом отделении Лейпцигского университета, после чего получил диплом инженера-землеустроителя. До 1905 года работал агрономом, написал несколько книг и статей по агрономии — «Картофель в огородной и полевой культуре» и др.
Первым браком был женат на простой смоленской крестьянке Ефросинье Павловне Смогалевой (в дневниках он часто называл её Фросей или Павловной). Помимо её сына от первого брака Якова (погиб на фронте в Гражданскую войну), у них было ещё трое детей — сын Михаил умер младенцем в 1918 году, Лев Михайлович — популярный беллетрист своего времени, писавший под псевдонимом Алпатов (уличное имя Пришвиных в Ельце), участник литературной группы «Перевал», и Пётр Михайлович — охотовед, автор мемуаров (изданы к 100-летию со дня его рождения — в 2009 году). Ефросинья Павловна верно служила мужу более 30 лет.
Первый рассказ Пришвина «Сашок» был напечатан в 1906 году.
Умер 16 января 1954 года, похоронен на Введенском кладбище в Москве.
Как писатель, Пришвин критиковался за то, что описывая реальных людей, он слишком творчески подходил к делу, предпочитая реальным чертам персонажа художественный вымысел. Также Пришвин нередко допускает серьёзные ошибки в деталях, за что издавна пользуется дурной славой среди краеведов.