Закончил восьмилетнюю школу с отличием.
В 1979 году окончил Коломыйское педагогическое училище. Затем работал год воспитателем группы продлённого дня в сельской школе Галичского района Иваново-Франковской области, откуда в 1980 году был призван на срочную службу в Советскую Армию. По окончании срочной службы в 1982 году получил направление на факультет истории и коммунистического воспитания Высшей комсомольской школы при ЦК ВЛКСМ. После её окончания, получив специальность «предподаватель истории и обществоведения», с 1986 по 1988 год был направлен на руководящую комсомольскую работу в Холмский райком ВЛКСМ Новгородской области, где работал вторым и (с мая 1987 года) первым секретарём. С 1988 по 1991 год возглавлял совхоз «Трудовик» в Холмском районе Новгородской области. Был депутатом и членом комитета Верховного совета СССР по вопросам работы советов народных депутатов, развития управления и самоуправления, входил в Межрегиональную депутатскую группу. В июне 1991 года был доверенным лицом Б. Ельцина на выборах Президента РСФСР. В 1994 году окончил Академию народного хозяйства при Правительстве Российской Федерации по программе «Руководитель в условиях рынка», получив специальность «менеджер высшей категории».
24 октября 1991 года был назначен главой администрации Новгородской области. По итогам выборов 17 декабря 1995 года он был избран главой администрации Новгородской области, набрав 56,17 % голосов избирателей, а 5 сентября 1999 года был переизбран на эту должность набрав 91,56 % голосов избирателей. В третий раз переизбран губернатором Новгородской области, набрав 78,73 % голосов в 2003 году, с этого времени Новгородская область стала приобретать репутацию «криминализированного региона», откуда всё чаще стали поступать новости об убийствах, исчезновениях и финансовых злоупотреблениях.
С 1994 года по 1996 год работал депутатом Совета Федерации. Был членом Комитета палаты по делам СНГ.
С 1996 года по 2001 год был членом Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, работал в Комитете по международным делам, избирался в 1999 году вице-председателем Парламентской ассамблеи Совета Европы (по 2001 год). Был членом Межведомственной комиссии по делам Совета Европы. 25 июня 1999 года избран членом Совета директоров РАО «ЕЭС России» (по 2002 год).
Членом политсовета Партии российского единства и согласия стал в 1993 году. С весны 1995 года — в оргкомитете движения «Наш дом — Россия». С сентября 2001 года избран председателем Демократической партии России. В 2005 году принят в партию «Единая Россия», а в июне 2005 года назначен секретарём политсовета Новгородского отделения «Единой России».
3 августа 2007 года он направил полномочному представителю Президента Российской Федерации в Северо-Западном федеральном округе прошение об отставке. Президент России подписал указ о досрочном прекращении полномочий губернатора Новгородской области Михаила Прусака по его просьбе, а губернатором стал Сергей Герасимович Митин.
11 сентября 2007 года был включён в состав консультативной комиссии при Государственном совете Российской Федерации. Исключён из состава комиссии 5 февраля 2009 года.
Возглавлял кафедру экономической социологии и социально ориентированной экономики Новгородского государственного университета им. Ярослава Мудрого.
Автор книги «Реформы в провинции».
Женат. Дочь Ирина, 1985 года рожд. и сын Андрей, 1988 года рожд.
В свободное время занимается рыбалкой и охотой. Из литературы предпочитает издания по отечественной истории дореволюционного периода.
В марте 2011 года М.Прусак вошел(с ООО «Агропроминвест» и П. Н. Минаевым) в список аффилированных лиц ОАО «Кировхлеб»/