Сын генерал-майора князя Михаила Юрьевича Щербатова от брака с княжной Ириной Семёновной Сонцовой-Засекиной. Щербатов получил глубокое и разностороннее домашнее образование. В раннем детстве был записан в гвардейский Семёновский полк, а в 1756 году произведён в прапорщики. Вышел в отставку сразу после манифеста «О вольности дворянства» в чине капитана.
В 1767 он поступил на гражданскую службу: в конце 60-х гг. работал в Комиссии по составлению нового Уложения и выдвинулся как лидер оппозиционного правительству родовитого дворянства. В 1771 сделан герольдмейстером и в эти годы разбирал по поручению Екатерины II бумаги Петра Великого. В 1773 пожалован в камергеры. В 1778 г. он стал президентом Камер-коллегии с чином тайного советника и был назначен присутствовать в экспедиции винокуренных заводов; в 1779 г. был назначен сенатором. Около 1788 вышел в отставку в чине действительного тайного советника.
От брака с дальней своей родственницей, княжной Наталией Ивановной Щербатовой, имел двух сыновей Ивана и Дмитрия и четырёх дочерей Ирину (жена историка М. Г. Спиридова), Прасковью, Анну, Наталью.
Щербатов был историком и публицистом, экономистом и политиком, философом и моралистом, человеком поистине энциклопедических познаний. В «Истории Российской от древнейших времён» (доведена до 1610) подчеркивал роль феодальной аристократии, сводя исторический прогресс к уровню знаний, наук и разума отдельных личностей. В то же время труд Щербатова насыщен большим количеством актовых, летописных и др. источников. Щербатовым были найдены и опубликованы некоторые ценные памятники, в том числе «Царственная книга», «Летопись о многих мятежах», «Журнал Петра Великого» и др. По мнению С. М. Соловьева, недостатки трудов Щербатова были результатом того, что «он стал изучать русскую историю, когда начал писать её», а писать её он очень торопился. До самой своей смерти Щербатов продолжал интересоваться политическими, философскими и экономическими вопросами, излагая свои взгляды в ряде статей.
Русской историей стал заниматься под влиянием Миллера, о чём он сам говорит в предисловии к I т. «Истории российской». На основании 12-ти списков, взятых из разных монастырей, и 7-и собственных, не имея никакой предварительной подготовки, он взялся за составление истории. Тогда же начинается усиленная издательская деятельность Щербатова. Он печатает: в 1769 г., по списку патриаршей библиотеки, «Царственную книгу»; в 1770 г., по повелению Екатерины II — «Историю свейской войны», собственноручно исправленную Петром Великим; в 1771 г. — «Летопись о многих мятежах»; в 1772 г. — «Царственный летописец». Собственная его история несколько замедлилась вследствие необходимости к летописным источникам присоединить и архивные, до него никем, кроме Миллера, не тронутые. В 1770 г. он получил разрешение пользоваться документами московского архива иностранной коллегии, где хранились духовные и договорные грамоты князей с середины XIII в. и памятники дипломатических сношений с последней четверти XV в.
Щербатову ещё при жизни приходилось защищать свой труд от общих нападок, особенно против Болтина. В 1789 г. он напечатал «Письмо к одному приятелю, в оправдание на некоторые скрытые и явные охуления, учиненные его истории от г. ген.-майора Болтина», что вызвало ответ Болтина и отповедь, в свою очередь, Щербатова, напечатанную уже после его смерти, в 1792 г. Болтин указывал на ряд ошибок Щербатова: 1) в чтении летописи, вроде превращения «стяга» в «стог», «идти по нем» в «идти на помощь» и т. д. и 2) на полное незнакомство Щербатова с исторической этнографией и географией. Действительно, его история очень страдает в этом отношении. Щербатов не сумел ориентироваться в древней этнографии, а ограничился пересказом известий по французским источникам да и то «толь смутно и беспорядочно, — по его собственному заявлению, — что из сего никакого следствия истории сочинить невозможно». Но дело в том, что этот вопрос был наиболее тёмным, и только Шлецеру удалось внести туда некоторый свет.
В обработке летописи Щербатов, несмотря на всю массу промахов, в которых его упрекали, сделал шаг вперёд сравнительно с Татищевым в двух отношениях. Во-первых, ввел в учёное пользование новые и очень важные списки, как синодальный список Новгородской летописи (XIII и XIV вв.), Воскресенский свод и др. Во-вторых, он первый правильно обращался с летописями, не сливая показания разных списков в сводный текст и различая свой текст от текста источников, на которые он делал точные ссылки, хотя, как замечает Бестужев-Рюмин, его способ цитировать по № отнимает возможность проверки. Как и остальные наши историки XVIII в., Щербатов ещё не различает вполне источника от его учёной обработки и потому предпочитает, например, Синопсис — летописи. Не по силам ещё Щербатова выбор данных; послушно следуя за источниками, он загромождает свой труд мелочами. Много добра русской истории Щербатов принёс обработкой и изданием актов. Благодаря его истории и «Вивлиофике» Новикова наука овладела первостепенной важности источниками, как духовными, договорными грамотами князей, памятниками дипломатических сношений и статейными списками посольств; произошла, так сказать, эмансипация истории от летописей, и указана была возможность изучения более позднего периода истории, где показания летописи оскудевают или совсем прекращаются. Наконец, Миллер и Щербатов издали, а частью приготовили к изданию много архивного материала, особенно времён Петра Великого. Полученный из летописей и актов материал Щ. связывает прагматически, но его прагматизм особого рода — рационалистический или рационалистически-индивидуалистический: творцом истории является личность. Ход событий объясняется воздействием героя на волю массы или отдельного лица, причём герой руководствуется своекорыстными побуждениями своей натуры, одинаковыми для всех людей в разные эпохи, а масса подчиняется ему по глупости или по суеверию и т. п. Так, например, Щербатов не пытается отбросить летописный рассказ о сватовстве византийского императора (уже женатого) — на 70-летней Ольге, но даёт ему своё объяснение: император хотел жениться на Ольге с целью заключить союз с Россией. Покорение Руси монголами он объясняет чрезмерной набожностью русских, убившей прежний воинственный дух. Согласно со своим рационализмом Щ. не признает в истории возможности чудесного и относится холодно к религии. По взгляду на характер начала русской истории и на общий ход её. Щербатов стоит ближе всего к Шлецеру. Цель составления своей истории он видит в лучшем знакомстве с современной ему Россией, то есть смотрит на историю с практической точки зрения, хотя в другом месте, основываясь на Юме, доходит до современного взгляда на историю как науку, стремящуюся открыть законы, управляющие жизнью человечества. У современников история Щербатова не пользовалась успехом: её считали неинтересной и неверной, а самого Щербатова —лишённым исторического дарования (имп. Екатерина II).
В 70-х гг. Щербатов написал ряд публицистических статей и заметок, а в конце 80-х гг. сочинение «О повреждении нравов в России», где резко критиковал политику правительства и нравы придворной среды. В 1783 написал утопический роман «Путешествие в землю Офирскую», в котором изложил свой идеал государства, полицейского по сути, опирающегося на дворянство, процветающего за счёт труда подневольных рабов.
Щербатов интересен, главным образом, как убежденный защитник дворянства. Его политические и социальные взгляды недалеко ушли от той эпохи. Из его многочисленных статей — «Разговор о бессмертии души», «Рассмотрение о жизни человеческой», «О выгодах недостатка» и др. — особый интерес представляет его утопия — «Путешествие в землю Офирскую г. С., швецкого дворянина» (не закончено). Идеальное Офирское государство управляется государем, власть которого ограничена высшим дворянством. Остальные классы, даже рядовое дворянство, доступа к высшей власти не имеют. Необходимости для каждого гражданина принимать участие в правлении, обеспечения личной свободы Щербатов не знает. Первым сословием является дворянство, вступление в которое запрещено. Оно одно обладает правом владеть населёнными землями; рекомендуется даже (в статье по поводу голода в 1787 году) всю землю отдать дворянам.
Военную службу он рекомендует организовать по типу военных поселений, что позднее было сделано в России и потерпело полное фиаско. Рассудочность века наложила сильную печать на него. Особенно характерны взгляды его на религию офицеров: религия, как и образование, должна быть строго утилитарной, служить охранению порядка, тишины и спокойствия, почему священнослужителями являются чины полиции. Другими словами, Щербатов не признает христианской религии любви, хотя это не мешает ему в статье «О повреждении нравов в России» нападать на рационалистическую философию и на Екатерину II как на представительницу её в России. До чего сам Щербатов проникся, однако, рационализмом, видно из его мнения, что можно в очень короткий срок пересоздать государство и установить на целые тысячелетия незыблемый порядок, в котором нужны будут только некоторые поправки.