Михаил Шемякин родился 4 мая 1943 года в Москве.
Его отец, Михаил Петрович Шемякин, происходил из черкесского (кабардинского) рода Кардановых. Он рано осиротел и фамилию Шемякин получил от своего отчима, офицера Белой гвардии Шемякина, точно так же, как и русское имя Михаил взамен данного при рождении — Файзулла. Приемный отец скоро сгинул на полях Гражданской войны, а юный Михаил Шемякин (старший) стал красноармейским сыном полка, в 13 лет получил один из первых орденов Красного Знамени, всю жизнь звался Шемякиным и всегда гордился, что принадлежит к кабардинскому роду Кардановых.
Мать — актриса Юлия Николаевна Предтеченская.
Большая часть его детства прошла в оккупированной Восточной Германии, а затем в ГДР. В 1957 году 14-летний Михаил вернулся обратно в СССР, в Ленинград. Он был принят в среднюю художественную школу при Институте живописи, скульптуры и архитектуры имени И. Е. Репина, где учился с 1957 по 1961 год. Был отчислен за "эстетическое развращение" однокурсников.
С 1959 по 1971 год он работает в качестве лаборанта, исполняя различного рода работу. Его подвергали принудительному лечению в психиатрической клинике в течение трёх лет.. Работает такелажником в Эрмитаже. Выставки с участием Михаила Шемякина в СССР закрывались.
В 2007 году Шемякин вновь вернулся во Францию, где поселился недалеко от города Шатору.
Периодически работает в Санкт-Петербурге.
Сейчас[когда?] Шемякин работает над полнометражным мультфильмом «Гофманиада» вместе со студией «Союзмультфильм».
Шемякин дважды женат. Первая жена — Ребекка, от которой у него есть дочь — Доротея, художница, живет в Греции.
В настоящее время[когда?] жена — Сара де Кэй (американка).
«Воображаемый музей М. Шемякина» — цикл передач на канале «Культура» представляющий собой визуальные лекции об истории искусств.
В период с 1981—1982 в Нью Йорке несколько совместных выставок с киевским художником Александром Костецким.
Михаил Шемякин и Владимир Высоцкий познакомились в Париже (благодаря Михаилу Барышникову) и навсегда остались друзьями. Высоцкий посвящал Шемякину свои песни, тот, в свою очередь, рисовал иллюстрации к произведениям Владимира Семёновича, а после его смерти создал памятник поэту, установленный в Самаре.
Необходимо также отметить, что песни в исполнении Высоцкого пытались записывать многие, но из профессиональных записей Владимира Высоцкого ни одна не может соперничать с коллекцией Шемякина по объёму, чистоте звучания, исключительному подбору песен. Эти записи уникальны тем, что Высоцкий пел не для пластинки, а для близкого друга, чьё мнение он так ценил. Записи сделаны в Париже в 1975—1980 годы в студии Михаила Шемякина. Аккомпанировал Высоцкому на второй гитаре Константин Казанский. Записи были изданы только в 1987 году, после обработки в Нью-Йорке Михаилом Либерманом. Серия включает в себя 7 пластинок.
В память о творчестве В. Высоцкого, Михаил Шемякин создал серию литографий, посвященных песням и стихам Владимира Семёновича. Литографии были отпечатаны только в 1991 году, а в виде роскошного издания вышли в свет в 2010 году.
Смотри также: «Дискография Владимира Высоцкого».