М.Н. Бардыгин родился в 1864 году в городе Егорьевске Рязанской губернии и был вторым ребёнком в семье известного егорьевского фабриканта, мецената и общественного деятеля Никифора Михайловича Бардыгина. Его старший брат Порфирий успешно учился в Академии коммерческих наук в Москве, но летом 1871 года умер от холеры в возрасте 13 лет. Через день после получения известия о смерти сына скончалась в возрасте 35 лет мать Михаила, Авдотья Феофилактовна. Позднее отец мальчика женился во второй раз, на Марии Владимировне Макарьевой. Отношения с мачехой у Михаила не всегда складывались гладко.
В детстве Михаил часто болел, не отличался здоровьем и в последующие годы. В отличие от отца Михаил получил хорошее образование. В 1874—1878 гг. Михаил обучался в новой Егорьевской прогимназии (в открытии которой большую роль сыграл его отец). Затем, по совету учителей, молодой Бардыгин был определён в Москву, в Лицей цесаревича Николая, основанный известным публицистом М.Н. Катковым.
М. Н. Бардыгин женился на представительнице богатой купеческой фамилии — Глафире Васильевне Постниковой. Её брат, Владимир Васильевич Постников, был известным коллекционером, владельцем антикварного магазина «Былое» на Тверском бульваре в Москве. Первый сын Михаила Никифоровича, Михаил, умер в детстве. В память о маленьком внуке, дед, Никифор Михайлович, установил стипендию его имени для гимназистов. Всего у Михаила Никифоровича было 9 детей не считая умерших в младенчестве, 6 сыновей и 3 дочери: Никифор, Фёдор, Алексей, Василий, Николай, Сергей, Евдокия и Мария. Рано умершая жена Бардыгина и его сын Сергей, умерший 7 мая 1918 года, были похоронены в Москве на Старом кладбище Новодевичьего монастыря. Ещё один сын, Николай, эмигрировал в 20-х годах. Судьба остальных детей неизвестна.
В 1883 году Михаил Бардыгин, завершив обучение поездкой в Западную Европу, вступил в управление семейным делом. В 1885 году Бардыгины открывают печатное отделение, а в 1889 году — красильную фабрику в Городце. В 1901 году после смерти отца Михаил Никифорович становится единоличным владельцем большого разветвлённого бизнеса, включавшего механо-ткацкую и красильные фабрики, множество торговых заведений. В 1909 году Михаил Бардыгин для управление этим большим хозяйством учреждает промышленное и торговое товарищество «Никифора Михайловича Бардыгина наследник» с основным капиталом около 7 млн. рублей и имевшего многочисленные отделения, в том числе в Петербурге, Харькове, Ташкенте, Коканде, Семипалатинске, Екатеринбурге и Томске, а также в Китае. Сам Михаил Никифорович становится директором правления товарищества. Позднее к отцу присоединился его второй сын, названный в честь деда Никифором. После того как торговые обороты товарищества увеличились до 18 млн. рублей, М.Н. Бардыгин выкупил большую часть паёв товарищества «Павла Малютина сыновья», владевшего прядильно-ткацкой фабрикой в с. Раменское Московской губернии.
Михаил Бардыгин был известным меценатом и благотворителем, следуя примеру своего отца, который много сделал для родного Егорьевска. Сам Михаил Никифорович в дневнике, который вёл с 5 ноября 1885 по 3 февраля 1886 года, писал о социальной роли промышленника в жизни общества: «Народ на честного фабриканта глядит как на своего кормильца. Пожар, увечье, хворь, старость — сколько народа они посылают с сумою? Кому, как ни капиталисту помочь им?».
Осенью 1907 года Бардыгин избирается депутатом III Государственной Думы от Рязанской губернии (от 1-го съезда городских избирателей), где присоединяется к фракции «прогрессистов». Работая в Думе состоял в комиссиях финансовой, бюджетной и по рабочему вопросу. Во время первой сессии подписал Законодательное предположение: о сосредоточении продажи крепких напитков в городах и голосовал против законопроекта об Амурской ж. д..
Незадолго до смерти Никифор Михайлович попросил сына завершить обустройство Свято-Троицкого монастыря и открыть в Егорьевске учебное заведение. И Михаил Никифорович выполнил просьбу родителя. В 1909 году в Егорьевске открылось низшее механико-электротехническое училище с пятилетним сроком обучения. В училище изучались слесарное, токарное, литейное дело, электротехника. Сам Бардыгин только в качестве первого взнос на строительство пожертвовал 200 000 рублей. А после завершения строительства стал пожизненным попечителем училища, отказавшись от предложения городской думы присвоить ему имя попечителя. Помимо учебных корпусов были возведены общежития для учащихся и квартиры преподавателей. Напротив училища, на месте бывшего болота был разбит ботанический сад с ровными аллеями и прудом. Для училища приобреталось новейшая техника и книги для учебной библиотеки. Первый директор училища — инженер В.М. Леднёв, прежде чем возглавить учебное заведение, ознакомился с постановкой технического образования в Германии.
В годы Советской власти училище преобразовали в станкостроительный техникум. В 1996 году на базе техникума был создан Егорьевский Технологический Институт (филиал) МГТУ «Станкин».
В 1911 году при поддержке Бардыгин в Егорьевске создаётся гимнастическое общество «Сокол» и футбольная команда «Бардыгинцы», состоялся Съезд директоров, преподавателей, руководителей мастерскими технических училищ Московского учебного округа с участием представителей фабрично-заводской промышленности и попечительских обществ.
В 1909 году Михаил Никифорович открывает при фабрике публичную библиотеку с читальным залом. Уже в 1910 году под влиянием В.В.Постникова, шурина Бардыгина, при библиотеке возникает «Частное собрание русской старины», которое в 1911 году отделяется и превращается в полноценный музей, через 2 года получивший название «Музей русской старины». К 1913 году в фондах музея хранилось более 10 000 разнообразных экспонатов (иконы, фарфор, стекло, оружия и т.д.), которые оценивались в 200 000 рублей. Посещение музея было бесплатным. В 1915 году Бардыгин подарил музей городу, но продолжал его финансировать. Для музея предполагалось построить здание в стиле древней русской архитектуры, которое спроектировал архитектор А.В. Щусев. В проекте музей представлял собой многоэтажную круглую башню с бойницей, которую увенчивала конная статуя Георгия Победоносца — покровителя города Егорьевска. Однако осуществить это строительство не удалось.
Деятельность М.Н. Бардыгина не осталась незамеченной. 1 июля 1915 года был подписан указ о возведении его и членов его семьи в потомственное дворянство «в воздаяние выдающейся благотворительной деятельности». Из-за войны и революции оформление бумаг документа затянулось до… 25 октября 1917 года.
Признав Советскую власть Михаил Бардыгин поступил на службу в Наркомат лёгкой промышленности, где курировал текстильную отрасль. По косвенным свидетельствам известно, что один из сыновей Бардыгина, Николай служил экспертом Мосгубмузея. Но, разочаровавшись в революции в 1923 году Михаил Никифорович с женой и сыном Николаем эмигрировал во Францию. Про дальнейшую судьбу Бардыгиных почти ничего неизвестно. По непроверенным данным он руководил небольшим текстильным предприятием.
Известно, что находясь в эмиграции М.Н. Бардыгин написал книгу «Созвучия Нового Завета» которая была напечатана в Париже в издательстве «Impr. de Navarre». Эта книга есть подобие словаря по Новому Завету, с помощью которого читатель может свободно отыскать в Книгах Нового Завета интересующее его место. В данной книге есть интересное Предисловие автора, в котором он описывает цель настоящего издания и вкратце затрагивает современный ему мир. Спустя год Михаил Никифорович издаёт второй выпуск «Созвучия Нового Завета». Предисловие ко второму выпуску книги изобилует высказываниями о книге М. Бардыгина известных архипастырей, таких как митрополит Евлогий (Георгиевский) и митрополит Антоний (Храповицкий), также одобрительную рецензию на книгу дал профессор Санкт-Петербургской Духовной академии Н.Н. Глубоковский. На форзаце книге помещено факсимиле митрополита Евлогия. Из предисловия явно следует, что эта книга была востребована и по достоинству оценена нашими соотечественниками, находящимися в эмиграции. Митрополит Антоний (Храповицкий) в своём письме о книге М. Бардыгина, в частности писал: «Ею будут пользоваться только те, кто любит читать Библию… Другое дело,— если Бог судит нам возвратиться в Россию». Архиепископ Японский Сергий (Тихомиров) в своём отзыве говорит: «И беглый просмотр ясно говорит, что и цель труда великая, и замысел оригинален и на исполнение труда затрачено много знания, сил и времени». Книга М.Н. Бардыгина «Созвучия Нового Завета» была популярна среди русских эмигрантов, но в России осталась незамеченной.