Родился Михаил Меньшиков в городе Новоржев Псковской губернии, в семье коллежского регистратора. Образование получал в Опочецком уездном училище, после которого поступил в Кронштадтское морское техническое училище. Участвовал в нескольких морских экспедициях, во время которых проявился его литературный талант. Он опубликовал в ряде изданий очерки заграничного плавания на фрегате «Князь Пожарский», которые позднее были выпущены отдельной книгой «По портам Европы» в 1879 году.
Меньшиков продолжил публицистическую деятельность, печатался в «Кронштадтском Вестнике», в «Морской газете» и «Техническом Сборнике». В 1892 году Меньшиков вышел в отставку в чине штабс-капитана и посвятил себя литературному труду. Он устроился постоянным корреспондентом в газету «Неделя», а позднее стал ее секретарём и ведущим публицистом. Молодой автор обратил на себя внимание своими талантливыми литературно-публицистическими статьями.
В связи с закрытием «Недели» Меньшиков перешёл в «Новое время», и являлся ведущим публицистом газеты с 1901 по 1917 год.
В своей публицистике М. О. Меньшиков затрагивал вопросы национального сознания русской нации, проблемы бездуховности, алкоголизма, еврейский вопрос, государственную политику. Некоторые считают М. О. Меньшикова первым идеологом русского этнического национализма. Занимал охранительно-патриотическую позицию, направленную на защиту интересов русских и российского государства. Предвидел национальную катастрофу. Переписывался с Л. Н. Толстым, Н. С. Лесковым, М. В. Нестеровым, И. Д. Сытиным, Д. И. Менделеевым, А. П. Чеховым.
В статье «Кончина века», написанной в декабре 1899 года, Меньшиков делает глубокое обобщение итогов XIX столетия, охватывает своей прозорливой мыслью будущее как русской, так и всей европейской цивилизации. Сейчас очевидно: его строки, относящиеся к России, бесспорно приложимы ко дню сегодняшнему. С той разницей, что болевые точки, которые обозначил Меньшиков, разрослись теперь в громадные язвы, буквально пожирающие Россию.
Меньшиков являлся одним из ведущих публицистов правого толка, выступал идеологом русского национализма. Он стал инициатором создания Всероссийского национального союза в 1908 году, который собрал вместе умеренно-правых политиков, придерживающихся националистических убеждений.
После революции Меньшиков был отстранён от работы в газете, 14 сентября 1918 года арестован сотрудниками ВЧК на своей даче на Валдае, а 20 сентября расстрелян на берегу Валдайского озера на глазах его шестерых детей. По словам жены Меньшикова, судьями и организаторами расстрела были Якобсон, Давидсон, Гильфонт и комиссар Губа.
Реабилитирован в 1993 году.