Родился 12.12.1906 года в с. Локня, теперь Сумского района Сумской области. Отец Михаила был бедным крестъянином. Образование Михаил имел неполное среднее. В пятнадцать лет начал батрачить, потом работал столяром, а также был на комсомольской работе. В 1931 году закончил финансовые курсы, в этом же году вступил в ВКП(б)/КПСС. Работал бухгалтером, позже был избран на должность председателя Краснянского сельсовета Скадовского района.
С июля 1941 года брал участие в Великой Отечественной войне. В 1942 окончил курсы командного состава. Сражался на Юго-Западном, 3-м Украинском и 1-м Белорусском фронтах. В 1944 году, в боях возле Южного Буга был ранен и отправлен в госпиталь. Потом выписался и нашел свой батальон 117-го гвардейского стрелкового полка, командиром которого был, уже на польской земле.
1 августа 1944 года батальон гвардии старшего лейтенанта М.П.Карнаушенко получил приказ первым форсировать реку Вислу. Несмотря на налёты фашистской авиации и на сильнейшее сопротивление противника, комбату удалось переправить на вражеский берег батальон за короткий срок и с минимальными потерями. Пройдя водный рубеж, батальон сразу же вступил в бой с нацистами. Немецкая армия была вытеснина на 7км, советские войска розширили и закрепили плацдарм для дальнейшего наступления. Указом от 24 марта 1945 года за мужество и проявленый героизм в этом бою М.П.Карнаушенко был удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда"(№ 7235).
В мирное время жил и работал в Херсонской области, а точнее в поселке Нововоронцовка. Был председателем рыболовецкого колхоза "Заветы Ильича" (с 1960 по 1969 гг.), позже стал председателем исполкома поселкового совета. Умер 21 февраля 1975 года, похоронен в поселке Нововоронцовка.
До сих пор местные жители хранят добрую память о Михаиле Павловиче Карнаушенко, а одна из улиц Нововоронцовки носит его имя.