Закончил Медико-хирургическую академию в 1855, в 1869 защитил там же докторскую диссертацию: «Монография о формулах слюды» (СПб., 1869). С 1869 и до середины 1880-х Кондратьев читал в той же академии минералогию.
Похоронен Михаил Павлович в Санкт-Петербурге на Литераторских мостках Волковского кладбища.