В своей научной деятельности М. С. Куторга особое внимание уделял истории Афин V—IV веков до н. э., в том числе времени становления и развития афинской демократии. В 1827 г., по приказу Николая I, при Дерптском университете создается Профессорский институт для подготовки отечественных преподавателей всеобщей истории . Это было связано как с отсутствием отечественных преподавателей всеобщей истории, так имело и политические цели. После событий 1825 года правительство намеревалось подготовить надежный преподавательский состав. В новооткрытый институт принимались лишь природно-русские кандидаты с незапятнанной репутацией. Одним из слушателей этого института и становится М. С. Куторга. В своих первых работах М. С. Куторга еще не касается вопросов, связанных с темой афинской демократии. Его магистерская и докторская диссертации были посвящены разбору племенного устройства в древней Греции в ранний период ее истории.
Первый труд Куторги, посвященный истории афинской демократии — «История афинской республики от убиения Иппарха (Гиппарха) до смерти Мильтиада» (1848), где Куторга основное внимание уделяет политической борьбе аристократии и демократии в Греции и в Афинах Отдельную работу в 1853 году Куторга посвящает законодательству Клисфена, где опираясь на свидетельство аристотелевой «Политики» (Arist. Pol., III, 1, 10) делает вывод о том, что Клисфен принял в сословие граждан весь класс метеков, состоявший из отделов метеков-иностранцев и метеков-рабов . Дальнейшие работы в 1850-е годы, по преимуществу, были связаны с его изысканиями в области хронологии. Так, хронологии персидских войн посвящена работа Куторги «Персидские войны. Критические исследования событий эпохи древней греческой истории» (1858).
Новый всплеск интереса к политической истории Греции V в. до н. э., и в частности, к вопросам, связанным с историей афинской демократии, возникает у М. С. Куторги в 1860-е гг., что, надо думать, было непосредственно связано с наступлением эпохи либеральных реформ в России, а также с развитием идей панславизма, порождавших особый интерес к греко-славянскому миру. Видимо, не случайно, что появление программной статьи Куторги «Введение в историю древней греческой образованности», где историк говорит об особой значимости для русских изучения истории древней Греции, совпало по времени с проведением в России Славянского съезда. Именно в 1860-70-е гг. Куторга говорит о необходимости создания национальной самобытной науки об античности, в это же время зарождается его оригинальный взгляд на развитие афинской демократии при Перикле. По мнению Куторги, при Перикле в Афинах сложился особый политический строй, пришедший на смену демократии. Этот строй Куторга именует политией. Полития, по мнению Куторги, была самым совершенным строем древнего мира и представляла из себя государственное устройство, в котором были сняты все противоречия, характерные как для аристократии, так и для демократии. Полития представляла из себя, как считал Куторга, равноправную гражданскую общину, где мирно уживаются все слои общества.
Ошибкой всех новейших ученых Куторга считал то обстоятельство, что «политический строй перикловых Афин и дальнейшее их развитие те именовали демократией». Именно политией, установленной Периклом, по мнению М. С. Куторги, управлялись Афины «в благоденствии, коему во всей прочей Греции не было равного до самого Македонского господства». В своем мнении о том, что при Перикле государственный строй древних Афин греки именовали не демократией, а политией, Куторга опирается, главным образом, на рассуждениях Аристотеля (Arist. Polit., III, V, 1.) о политии, как наилучшем виде государственного устройства; и на диалоге Платона «Политик». (Plato. Pol., 293в, 300с-е), где, как считает Куторга, Платон также высказывается о политии, как наилучшем виде государственного устройства. Причем Куторга полагал, что Аристотель и Платон относили политию именно ко времени правления Перикла.
В концепции политии отразился и другой важный аспект мировоззрения М. С. Куторги, а именно, идея о противоборстве двух разных миров — Романо-германского и Греко-славянского, где краеугольным камнем была мысль о противостоянии православия и католицизма. Для М. С. Куторги Романо-германский мир ассоциировался с насилием и угнетением, с тиранией цезарей, впоследствии воплотившейся в папстве. Совсем в другой ипостаси предстает в представлении М. С. Куторги Греко-славянский мир: он наследник первых христианских общин, построенных, в свою очередь, наподобие древней афинской политии и воспринявших самоё её имя — полития, гражданство, преимущественно экклесия, вече, что, в конечном итоге, означало для Куторги «возрождение афинской политии, но преобразованной по учению Евангелия» . Сам дух афинских гражданских свобод перешел, по мнению Куторги, в православную церковь: «сохранилось до сих пор общинное избрание Вселенского Патриарха, равно как и общинные избрания приходских священников в Греции». Древняя Европа, замечал М. С. Куторга, распалась на западную и восточную, на две совершенно в самом существе противоположные части. «Падение Западной Римской империи не уничтожило и не ослабило этого раздела …, не прекращаясь поныне, … образовалось два глубоко различных христианских мира: Германо-романский на западе; славяно-греческий — на востоке». Этот акцент, сделанный Куторгой на преемственности греческого и славянского миров, не случаен. По его мнению, основные идеи политии в трех её существенных чертах — общины, веча и церкви перешли и в Россию. «Греки распространили между Славянами начала гражданственности и внушили им понятие Общины, которая привилась и водворилась у них в своем тройственном значении общины, веча и Церкви. Так, открылся на востоке Европы новый Славяно-Эллинский мир, коего представителем Россия, наше отечество. Изучая историю древних Эллинов, изучаем законы исторической преемственности».